描画速度

次世代シーケンサーでデータを産出した後は、リファレンスにマッピングして、 Bamファイルを作成し、そのBamファイルを読み込んで、タグが貼り付いている様子を確認します。　Gene Travelerだと､この作業が、嫌になるほど遅く、Windowのサイズを変更しただけでも、随分時間がかかります。IGVを利用すると、読み込みも早く、表示もかなりスムーズに感じます（同じJavaを使用しているソフト）。操作速度は非常に重要なファクターだと感じていますが、これは大きくは変更できないでしょうか？常に、どこまでの情報を引っ張っているか？だけの差のような気がします。
あと、IGVにあるようなゲノム上の位置に数値を入れて移動できる機能は、欲しいですね。
　よろしくお願い致します。
すいません、この質問（お願い）は、Gene Traveler　のフォーラム宛でしたね。

GTの描画速度が遅いのはいくつかの原因が重なっています。
１．スプリットされたゲノムが切り替わる度にファイルI/Oが必要なこと。
２．不必要な再描画イベントが存在したこと。
３．Greedyな描画が適用されていないこと。
４．Short Readの配列を全部保持していること。

「１」が原因となる描画速度の低下は、スプリットするサイズの最適化と読込み方法の変更で2倍程度までは速くできるものと考えられます。
「２」が原因となる描画速度の低下は、現在しらみつぶしに問題箇所を探しており、次第に改良されつつあります。
「３」が原因となる描画速度の低下は、特に同じピクセルに何重にも描画しているものを最前面の１つに限定することにより、かなり大幅に改善できるものと考えられます。
「４」が原因となる描画速度の低下は、今後の最大の改善策の一つであり、最初から全部ロードせずに、配列表示のリクエストがあった場合にのみ、その範囲の配列をロード・表示する方法に変更することで解決する予定です。

なお、ゲノムの指定位置に飛ぶ機能は、Version 1.3.20 にて追加されました。

トピックをGTに移動しました。
→　GT User Request

ご回答ありがとうございます。

とにかく通常の作業が、どれだけストレスなくできるか？は、そのソフトを使用する為の必要条件だと思います。
よろしくお願いします。

32-bit　Javaの時代は、2GBまでしかメモリーを使用できなかったため、様々な工夫をしてきました。GTにもそのなごりがまだ残っています。IGVは、メモリーが充分にある場合は、一旦全データを読み込めばその後の操作は早くなります。しかし、メモリーが足りない場合は、Swapが発生して動かなくなります。一方、GTはメモリーが少ないローエンドのコンピュータでも次世代シーケンサのデータ解析ができることを売り物にしてきたのですが、もうそろそろこの看板を外そうと思います。
GTの速度改善の方針としては、もう少しハイエンドのコンピュータをターゲットとして、それに適合したメモリー使用策を図りたいと思います。
本日の社内開発会議で、物理メモリーがある場合はCoverage Depth Profileの描画に必要なデータのI/Oを最初の一回だけにする方向で改良することに決定しました。

GT Version 1.3.21 がリリースされ、以下の課題が改善されました。
１.閲覧ウィンドウ全体や、各パネル（ペイン）をリサイズした場合にre-drawingが実行された問題は、再描画を抑制するように改善されました。