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Gene Cluster Alignmentの表示

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19 8月 2018 18:30 #67 : m.machida
Gene Cluster Alignmentの表示 \ 作成者m.machida
Gene Cluster Alignmentの表示について、遺伝子の対応関係を線から塗りつぶしに変えていただきまして有り難うございます!
とても見やすくなったと思います。
更にお願いで申し訳ないのですが、以下のURLのFigure 4aのように、塗りつぶしとCDSの間に空白を入れられないでしょうか。
digitalcommons.unl.edu/cgi/viewcontent.c...text=plantpathpapers

この様に表示できると、CDSの色が影響を受けないこと、より美しく見える効果があると思います。
ご検討のほどどうぞよろしくお願い致します。

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19 8月 2018 18:56 #68 : m.machida
Gene Cluster Alignmentの表示への返信 by m.machida
先ほどのメッセージに関連してもうひとつ提案があります。

塗りつぶし表示によって遺伝子の対応関係がとても見やすくなり、順方向か逆方向かの区別は直ぐに分かるようになりました。
そこで、塗りつぶしの色について、遺伝子間の相同性に基づいて変えることはできないでしょうか。
遺伝子機能による色分け(既存のIMC機能)と合わせて比べることにより、どのような違いが有るかを推定しやすくなると思います。
例えば、「主要代謝パスの遺伝子はほとんど同じで、修飾に関わる遺伝子が違っている」などです。
ご検討のほどどうぞよろしくお願い致します。

m.machida は書きました: Gene Cluster Alignmentの表示について、遺伝子の対応関係を線から塗りつぶしに変えていただきまして有り難うございます!
とても見やすくなったと思います。
更にお願いで申し訳ないのですが、以下のURLのFigure 4aのように、塗りつぶしとCDSの間に空白を入れられないでしょうか。
digitalcommons.unl.edu/cgi/viewcontent.c...text=plantpathpapers

この様に表示できると、CDSの色が影響を受けないこと、より美しく見える効果があると思います。
ご検討のほどどうぞよろしくお願い致します。

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19 8月 2018 23:08 #69 : akr
Gene Cluster Alignmentの表示への返信 by akr
至急検討いたします。

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22 8月 2018 23:58 #70 : akr
Gene Cluster Alignmentの表示への返信 by akr
相同性スコアに関連したカラーでの描画機能は、2018年8月22日リリースのIMC Version 7.25に実装されました。

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28 8月 2018 15:09 #71 : akr
Gene Cluster Alignmentの表示への返信 by akr
2018/8/28 リリースの IMC Version 7.26において、CDSとバンドの間に空白を設けました。
リリースニュースをご覧ください。

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29 8月 2018 07:16 #72 : m.machida
Gene Cluster Alignmentの表示への返信 by m.machida
どうも有り難うございます!
採れもきれいに描画できました。
まだ色を変えることができていませんがこの後試してみます。

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