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primer listの表示について

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27 12月 2010 23:06 #18 by DLN
Primer registration内のPrimer listのところに現在のLength, Tm等に加えてそれぞれのプライマーのpositionが表示されていると助かります。

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28 12月 2010 18:14 #19 by akr
Primer Listの右端に現在はPCRできた配列を表示しその配列ファイルを自動的にIMC読み込む「Show」ボタン機能はありますが、その配列上のPriming Positionの表示はありません。
「Show」ボタンをクリックすると複数のPCR産物を含む配列ファイルの存在場所が表示されます。この「Show」で表示される配列ファイルリスト上にそのPriming Positionを表示する方法で対処したいと思いますが、いかがでしょうか?

IMC Developer

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05 1月 2011 22:56 #20 by DLN
目的からご説明しますと...

私のPrimer Listの使い方がまちがっているかもしれませんが、Primer Listにあるプライマーの一覧を一括してエクセル等にリスト化したいです。PCR primer desigh を行った際に出てくるPrimer Listはcsvファイルで書き出すことができ、そこにはポジションに関する情報も含まれていますが、作成するプライマー数が多いと一つずつcsvファイルに書き出すのが大変です。PCR primer desighを行った際のリストの書き出しと同じような形で作成した複数のプライマーについて一括してcsvファイルの書き出しが行えるとありがたいです。もし、すでにこのようなことが行える機能があれば教えてください。

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06 1月 2011 01:02 #21 by akr
  1. 設計したPrimerをPrimer Listに登録すると、登録されているPrimerをカンマ区切りのフラットファイルで出力できます。これは、出力するPrimerを選択した後に、"Save as.."ボタンをクリックすることで実行できます。このファイルはCSV形式ファイルではありませんが、Excelに表形式で読み込むことができます。
  2. また、バッチPCR Primer Design機能やWhole Genome PCR Primer Design機能を使用して多数のプライマーを設計した場合には、Primer Listの左側を全部選択した後、右下のSelect The Best Primerをクリックし、さらにCSVボタンをクリックして出力します。

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21 1月 2011 01:34 #22 by akr
PCR Primerリストウィンドウで、一回以上PCRを実行した事のあるプライマーセットについては、塩基配列のどの位置にPrimingしたかという位置情報が追加されました。

上記機能はIMC Version 4.2.15で追加されました。

なお、この機能では予めPrimingされる塩基配列ファイルを読み込んでおく必要はありません。一度でもPCRを実行して、保存された塩基配列ファイルを自動的にIMCに読み込んで(Loadして)くることができます。

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