New Multi-Fragment Ligation機能は従来の5フラグメントまでのAdvanced Ligationとは異なるアルゴリズムを使用しています。以下にその概略を示します。
- N本のDNAフラグメントのGenBankファイルを読み込みます。
- ここでNに制限はありません。
- NxNの隣接行列AMを作ります。
- AMを使用して接続可能グラフを構築します。
- 連結成分（ライゲーションプロダクト）を抽出します。
- 各ライゲーションプロダクトの結合フラグメント順序を決定します。
- この時、生成されるプロダクト数が1,000,000個を超える場合は、リソースを無駄にしないため、処理を終了します。
- ここで、Simulation部分を完了し、結果をLigation Tableに表示するとともにプロダクトのライゲーション直前の状態をプレビュー描画します。