WB:DNA Assembly Workbenchタブペインの左上には、フラグメントテーブルが表示されます。
Main Treeのカレントフォルダーで選択中のフラグメントが半自動でFragmentTableにロードされます。半自動という意味は、MainWindowのMainTreeのカレントフォルダで選択されているフラグメントと現在Fragmentテーブルにロードされているフラグメントに差異がある場合は、Refresh from Selection ボタンが黄色で点滅しその差異を警告します。黄色点滅中のRefresh from Selection ボタンをクリックすると、Fragmentテーブルにカレントフォルダの選択中のフラグメントが全部ロードされ、両方の内容が一致します。
読み込まれたFragmentテーブルの表示項目は以下の通りです。
＊＊＊ここにフラグメントテーブルのスクリーンショットを配置＊＊＊
- 選択用チェックボックス: 新規に読み込まれた時点では全部選択状態となります。
- ID: Fragmentテーブルに読み込まれたフラグメントに与えられたIDです。Prefixが「F」で連番は1から自動的に付加されます。
- Name: フラグメントのGenBankファイル名
- Length: フラグメントの塩基長
- 5'End Preview: フラグメントの5'Endのダブルストランド塩基表示およびリン酸化表示
- 3'End Preview: フラグメントの3'Endのダブルストランド塩基表示およびリン酸化表示
- Preview: フラグメント全長の模式図を描画します。突出（粘着）末端については、突出部を塩基別カラーで表示し、他のフラグメントとの連結可能性がわかりやすくなっています。
フラグメントテーブルの下に7個の操作ボタンがあります。それぞれの機能は以下の通りです。
- Drop Checked Fragments to Construction Canvas: ペイン下部にあるConstruction Canvasに現在選択中のフラグメントをドロップします。ドロップされたフラグメントはライゲーション可能性をチェックされ、一番長いプロダクト候補が自動描画されます。
- Send to PlasmidMap: ライゲーション可能性の有無にかかわらず、フラグメントテーブルの順序で1本に仮に連結された塩基配列をPlasmidMapに送ります。この時、As Circularボタンがオンになっていれば環状のプラスミドマップが、As Linearボタンがオンになっていれば線状のプラスミドマップが、CC: ConstructionCanvasタブペインのプラスミドマップ領域に描画されます。
- Select All ボタン: このボタンをクリックすると、フラグメントテーブルの全フラグメントが選択状態になります。
- Reverse Selected ボタン: このボタンをクリックすると、フラグメントテーブルの現在の選択状態が逆になります。
- As Circular/As Linear: トグルボタンでプラスミドマップの描画形状を指定します。
- Renumber IDs: フラグメントテーブルのフラグメントの位置を移動した場合などに新たに表示されている順序でフラグメントIDを振りなおします。
フラグメントの移動: 各フラグメントはマウスドラッグで任意の行に移動できます。
WB:DNA Assembly Workbenchの左ペイン下部には、「Product」タブペインと「Matrix」タブペインがあります。