追加/変更された機能
メニューバーの変更（抜粋）
| Main Menu | Sub Menu | Subsub Menu | 新名称 | 旧名称 | 新位置 | 旧位置 |
| File | Preview Printing Map... | Preview Printing Map... | Print... | 移動なし | ||
| File | Manage Blast DB... | Manage Blast DB... | Create DB... | 移動なし | ||
| View | Jump to Position or Range | Jump to Position or Range | Show Region (Go) | |||
| View | Feature Label & Color |
メインウィンドウタブ名の変更
ニーモニックキーが登録された機能（抜粋）
| 場所 | 操作 | Windows | Mac |
| メインフィーチャーマップ・フィーチャーレーン | 左スクロール | ALT + 左方向キー | Option+ Ctrl + 左方向キー |
| メインフィーチャーマップ・フィーチャーレーン | 右スクロール | ALT + 右方向キー | Option+ Ctrl + 右方向キー |
| メインフィーチャーマップ・フィーチャーレーン | ズームイン | ALT + 上方向キー | Option+ Ctrl + 上方向キー |
| メインフィーチャーマップ・フィーチャーレーン | ズームアウト | ALT + 下方向キー | Option+ Ctrl + 下方向キー |
| メインフィーチャーマップ・配列レーン | 左スクロール | ALT + < | Option+ Ctrl + < |
| メインフィーチャーマップ・配列レーン | 右スクロール | ALT + > | Option+ Ctrl + > |
レイアウトが変更されたウィンドウ・ダイアログ（抜粋）
| 場所・機能 | ウィンドウ・ダイアログ名 | 変更内容 |
| Restriction Enzyme | Restriction Enzyme Manager | ボタン位置、ラベル、ソート機能追加 |
| PCR Primer 登録 | Primer List Manager | ボタン位置、ラベル、ソート機能変更 |
| Settings / Feature | Feature Setting Dialog | Screening List, Primer Design Listなど |
ソート機能が追加・改良されたテーブル
| 場所・機能 | テーブル名 | ソート可能カラム |
| Feature Statistics | フィーチャー詳細リスト | 全カラム |
| Restriction Enzyme Manager | 制限酵素リスト | 酵素名, 認識パターン |
| Primer List Manager | PCR Primer List テーブル | 全カラム |
| Priming Site Search | Primint Search Result List テーブル | 全カラム |
| Feature Key Search | フィーチャーキー検索結果リスト | 全カラム |
| Keyword Search | キーワード検索結果リスト | 全カラム |
ライセンス認証方法
ドングルライセンス（HWキー）
機能概要と基本操作
IMC操作の初歩
IMCの終了
ワークベンチ
ツールボックス
フィーチャーマップとレーン
配列・データ入出力
GenBank EMBLビューワ
配列ビューワ
アノテーションビューア
環状ゲノムマップビューワ
プラスミドマップビューア
トレース波形ビューア
分子系統樹ビューア
配列・注釈の検索
検索共通操作
フィーチャーキー検索
キーワード検索
パターン検索
バッチ（一括）ホモロジー検索
プライミング部位検索
制限酵素解析
プライマー設計
PCR反応
コンティグブリッジ
ライゲーション
プラスミドマップ操作
ゲル電気泳動
DNA断片修飾
相同組換処理
DNA組成解析
コドン解析
ORF解析
配列データベースの管理
ゲノム・遺伝子の比較
マルチプルアラインメント
多重環状ゲノムマップ
ドットプロット解析
ベンダイアグラム解析
逆相補鎖配列の生成
設定・インストール
インシリコアセンブラー
アイ・スパイダー(iSpider)
タクシースパイダー (TaxiSpider)
ARM
GenBank GBFF Expander
GenBankファイルチェッカー