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検索対象とする制限酵素を絞り込む

• 検索対象として使用する制限酵素を以下の性質で絞り込むことができます。
  • 認識塩基数別（4塩基認識酵素、6塩基認識制限酵素、8塩基認識制限酵素、その他）
  • パリンドロミック
  • 末端形状（Blunt End, Sticky End 5'-, Sticky End 3'-）
  • DAM/DCMメチル化された非消化部位の有無
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols: 

DNA配列上で制限酵素認識部位を探索する

• 指定された複数の制限酵素の認識部位を選択中の複数の塩基配列中から探索します。
• よく使う制限酵素だけに限定して検索できます（MySet機能）。
• 発見された部位を新規フィーチャーとして登録し、フィーチャーマップ上に可視化します。
• 発見された複数の認識部位のリストをクリックすると直接その塩基配列上の位置を表示します。
• そのDNA配列上で指定個数の制限部位をもつ制限酵素のみを表示することができます。
• 探索領域を限定できます。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols: I01B ある塩基配列上の制限酵素認識部位を探す

指定した範囲の切断部位数をもつ制限酵素を見つける

• 対象の塩基配列が指定された範囲の認識・切断部位数をもつ制限酵素を検索します。
  • DAM/DCMで影響を考慮します。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols:

制限酵素地図を別ウィンドウに表示する

• 選択した制限酵素によるカレント塩基配列上のカレントフィーチャーマップに表示されている範囲と同一の範囲にある認識部位を描画します。
• この制限酵素地図は、別ウィンドウ上に描画されます。
• 複数の制限酵素による認識部位はそのウィンドウ上に制限酵素毎に個別に表示レーンが生成されます。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS

制限酵素地図をフィーチャーマップの１つのレーンとして表示する

• Feature Mapに1つの独立のレーンとして制限酵素地図レーンを追加表示できます。
• 制限酵素地図レーンはFeature Map上で上下に移動できます。
• 制限酵素地図レーンは他のレーンとは独立に一時的に表示・非表示を切り替えることができます。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols:

DNA配列を制限酵素部位で実際に消化切断（インシリコシミュレーション）する

• その消化断片を新規配列ファイルとして保存します。
• その消化断片の一次元ゲル電気泳動をシミュレートします。
• DAM/DCMなどメチル化された部位では消化切断しないように設定できます。
• 環状ベクターを制限酵素部位で開環します。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols:

制限酵素消化断片を新たな塩基配列ファイルとして保存する

• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols: I01D

制限酵素認識部位を注釈（フィーチャー）として登録する。

• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols: I01E

環状ベクター塩基配列を制限酵素消化によって開環する

• 環状のプラスミドベクターのマルチクローニングサイト（MCS)を1箇所切断する制限酵素を使用して、ベクターの開環（線状化）を行います。ベクターへのクローニングの準備です
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols: I01L 

制限酵素消化断片を一次元ゲル電気泳動する（インシリコシミュレーション）

• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols:

メチル化影響部位を考慮した制限酵素処理を行う

• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols:

制限酵素断片末端を修飾する

• 制限酵素断片の末端形状を表示します。
• 制限酵素断片の末端を平滑化します。
• 制限酵素断片の末端を脱リン酸化します。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols: I01M

インサートチェック用に最適な制限酵素セットを見つける

• 多数の候補の中から正方向インサートチェック用に適した2種の制限酵素を表示し、そのゲル電気泳動模式図を描画します。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols: I01H

制限酵素を登録管理する

• 制限酵素の新規登録ができます。
• 良く使う制限酵素だけをマイセットとして登録できます。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols:

複数DNA断片に対する制限処理をする

• 複数のDNA断片を選択し、一括して制限処理を実行できます。
• 複数のDNA断片を対象に、それらを1箇所制限消化する制限酵素をリストアップできます。
• 複数のDNA断片を対象に、それらを１箇所も消化切断しない制限酵素をリストアップできます。
• 複数のDNA断片を対象に、それらをN～M箇所消化切断する制限酵素をすべてリストアップできます。
• 上記の結果から、特定のDNA断片をクリックして選択すると、そのDNA断片のフィーチャーマップが表示され、かつ選択した消化切断箇所を表示できます。
• 実装：IMC SE/GE/AE/DS
• Protocols: