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配列（Sequence)レーンには、ロードされたカレントゲノムファイルの塩基配列、およびコーディング領域がある場合は加えて翻訳アミノ酸配列が表示されます。

表示される塩基配列やアミノ酸配列の描画カラーや配列の背景、フォントサイズの変更などはFeature SettingダイアログのSequenceタブペインを使用して、変更設定できます。

塩基配列の選択：シーケンスレーンのForward StrandあるいはReverse Strand上で塩基配列を選択できます。また、選択された配列に対して様々な操作を実行できます。

配列上をマウスオーバーすることにより、マウス位置のゲノム絶対塩基位置が表示されます。

選択された領域上でマウス右クリックすると表示されるプルダウンメニューから操作を選択できます。

Range Selection…:選択されている塩基範囲を変更します。

PCR Primer Design:選択されている塩基配列領域を増幅するPCRプライマーを設計します。

Homology Arm Design:選択されている塩基配列をホモロジーアームとして登録します。

Save as a(new) Primer…:選択されている塩基配列を（新規）プライマーとして登録します。

Save as a(new) Pattern…:選択されている塩基配列を配列パターンとして（新規）登録します。

Delete Nucleotide:選択されている塩基配列を削除します。

Replace Nucleotide:選択されている塩基配列を入力する塩基配列で置換します。

Save as a(new) Feature…:選択されている塩基配列範囲を（新規）フィーチャーとして登録します。

Copy Sequence to Clipboard:選択されている塩基配列をクリップボードにコピーします。

Copy Reverse Complement Sequence to Clipboard：選択されている塩基配列の逆相補配列をクリップボードにコピーします。

Clear Selection:選択されている塩基配列を選択解除します。