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IMC D1B6 GBFFファイルをロードする

GBFFファイルをIMCにロードする方法を説明します。

GBFFファイルは、多数のGenBank形式ファイルを集めた圧縮ファイルで、2つのファイルから構成されています。

ひとつは、定義ファイルで「*.gbff.gz」というファイル拡張子を持っています(例:bacteria.1002.genomic.gbff.gz)。

もうひとつは、配列ファイルで「*.fna.gz」をいうファイル拡張子を持っています(例:bacteria.1002.1.genomic.fna.gz)。

操作

  1. 上記の2種類のファイルを任意の場所に保存します。
  2. メニューから、「Tools -> Multi GenBank File Expander…」をクリックします。
  3. 「Expand Setting」ダイアログが表示されます。
  4. Multi GenBank Format File: テキストフィールドに 「Ref…」 をクリックして、保存してある「*.gbff.gz」ファイルを指定します。
  5. fna File: テキストフィールドに「Ref…」をクリックして、保存してある「*.fna.gz」ファイルを指定します。
  6. Expand Directory: テキストフィールドに、GBFF ファイルを展開するディレクトリーを指定します。
  7. 「Run」をクリックします。
  8. 確認メッセージ「Start Expand?」が表示されます。
  9. 「はい(Y)」をクリックします。
  10. 展開の実行が開始され、実行中は進捗メッセージが表示されます。
  11. 進捗メッセージが閉じたら、展開は終了しています。
  12. 展開を指定したディレクトリー以下にTaxonomyに従い、階層的に展開されています。

IMCへのロード

  1. メインディレクトリーツリーのルート上で、マウス右クリックします。
  2. メニューが表示されます。
  3. 「Change Root Directory…」をクリックします。
  4. 確認メッセージ「Change Root Diretory?」が表示されます.
  5. 「はい(Y)」をクリックします。
  6. ファイル選択ダイアログが表示されます。
  7. さきほど展開を指定したディレクトリーを指定します。
  8. 展開したディレクトリーがルートディレクトリーに変更されます。
  9. 「+」をクリックして、ツリーを手動で展開します。
  10. 配列ノードが表示されたところで、ひとつの「*.gbk」ファイルをクリックします。
  11. 確認メッセージ「Change Current Directory?」が表示されます。
  12. 配列が属するディレクトリーに非常に多数のファイルが含まれている場合は、ロードに時間がかかります。
  13. このような場合には、手動でディレクトリを分割しておくことを推奨します。

  14. 「はい(Y)」をクリックします。
  15. 配列が含まれているディレクトリーがカレントディレクトリーになり、属するすべてのファイルがロードされます。
  16. ローティング中は、進捗メッセージが表示されます。
  17. クリックしたgbkファイルがカレントファイルとなり、フィーチャーマップに表示されます。

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