IMC D1B6 GBFFファイルをロードする作成日:2019年03月12日 | 最終更新日:2019年03月11日 | 印刷 | 参照数: 3169GBFFファイルをIMCにロードする方法を説明します。 GBFFファイルは、多数のGenBank形式ファイルを集めた圧縮ファイルで、2つのファイルから構成されています。 ひとつは、定義ファイルで「*.gbff.gz」というファイル拡張子を持っています(例:bacteria.1002.genomic.gbff.gz)。 もうひとつは、配列ファイルで「*.fna.gz」をいうファイル拡張子を持っています(例:bacteria.1002.1.genomic.fna.gz)。 操作 上記の2種類のファイルを任意の場所に保存します。 メニューから、「Tools -> Multi GenBank File Expander…」をクリックします。 「Expand Setting」ダイアログが表示されます。 Multi GenBank Format File: テキストフィールドに 「Ref…」 をクリックして、保存してある「*.gbff.gz」ファイルを指定します。 fna File: テキストフィールドに「Ref…」をクリックして、保存してある「*.fna.gz」ファイルを指定します。 Expand Directory: テキストフィールドに、GBFF ファイルを展開するディレクトリーを指定します。 「Run」をクリックします。 確認メッセージ「Start Expand?」が表示されます。 「はい(Y)」をクリックします。 展開の実行が開始され、実行中は進捗メッセージが表示されます。 進捗メッセージが閉じたら、展開は終了しています。 展開を指定したディレクトリー以下にTaxonomyに従い、階層的に展開されています。 IMCへのロード メインディレクトリーツリーのルート上で、マウス右クリックします。 メニューが表示されます。 「Change Root Directory…」をクリックします。 確認メッセージ「Change Root Diretory?」が表示されます. 「はい(Y)」をクリックします。 ファイル選択ダイアログが表示されます。 さきほど展開を指定したディレクトリーを指定します。 展開したディレクトリーがルートディレクトリーに変更されます。 「+」をクリックして、ツリーを手動で展開します。 配列ノードが表示されたところで、ひとつの「*.gbk」ファイルをクリックします。 確認メッセージ「Change Current Directory?」が表示されます。 配列が属するディレクトリーに非常に多数のファイルが含まれている場合は、ロードに時間がかかります。 このような場合には、手動でディレクトリを分割しておくことを推奨します。 「はい(Y)」をクリックします。 配列が含まれているディレクトリーがカレントディレクトリーになり、属するすべてのファイルがロードされます。 ローティング中は、進捗メッセージが表示されます。 クリックしたgbkファイルがカレントファイルとなり、フィーチャーマップに表示されます。 前へ 次へ