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IMC N02 ローカルパスウェイビルダーの概要

この操作の前に、「Set Pathway Draw Data」を実行してください。IMC起動後一度だけ実行します。

IMC8106 245 6w640
ローカルパスウェイビルダーで使用するペイン

P13: 上段3列目:LMS: Local Pathway Builder タブペイン

  • 代謝パスウェイ描画領域です。ここに代謝パスウェイが描画されます。
  • このタブペインは取り外し可能で、かつリサイズできます。

P21: 中段1列目:GSM: GenomeScaleModel タブペイン

P32: 下段2列目:EM: Extendable Metabolites タブペイン

  • 現在描画されている代謝パスウェイから1反応で到達できるメタボライトのリストを表示する タブペインです。

P33:下段3列目:Rxn: Rxns List タブペイン

  • Current GenomeScaleModel の Reaction List を表示する タブペイン です。
  • 各カラムでソートできます。

P33: 下段3列目:Mets: Species List タブペイン

  • Current GenomeScaleModel の Metabolte(Species) List を表示する タブペイン です。

P34: 下段4列目:ER: Extendable Rxns タブペイン


操作方法

  1. メニューから METABOLIC STREAM > Load GenomeScaleModel をクリックします。
  2. Load SBML ファイル選択ダイアログが表示されるので、ゲノムスケールモデル(SBMLフォーマット)を選択します。
  3. 注:現在使用できるゲノムスケールモデルは、BiGG モデルです。
  4. ロードが完了すると、P33: 下段3列目の Rxns List タブペインにその情報がリスト表示されます。
  5. 1反応の描画
  6. P33: Rxns List タブペインから最初に描画したい反応を選択し、クリックします。
  7. P13: Local Pathway Builder タブペインにその反応が描画されます。
  8. 現在描画されている反応の代謝物から続く反応を追加
  9. P32: Extendable Mets List タブペインに表示されている代謝物を1個クリックすると、その代謝物が仲介する反応をP34: Extendable Rxns List タブペインに表示します。
  10. P34: Extendable Rxns List の反応を1個クリックするとその反応がP13: Local Pathway Builderに追加されます。

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