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制限酵素断片 をインサートしたプラスミドのプラスミドマップ描画方法を説明します。

おおまかな手順

• 環状プラスミド を 制限酵素 で開環します。
• DNA を同じ 制限酵素 で消化した断片を作成します。
• ライゲーション を行います。
• ライゲーション産物 の プラスミドマップ を描画します。
• プラスミドマップ を調整します。

詳細操作手順

環状プラスミド を一つの 制限酵素 で開環します。

1. メニューから Cloning -> Restriction Enzyme -> Enzyme Selection… を選択します。
2. 
3. Enzyme Selection ダイアログ が表示されます。
4. 
5. 制限酵素 を選択します。ここでは例として、BamHI にチェックします。
6. 「Show Recognition Site…」をクリックします。
7. Recognition Site ダイアログが表示されます。
8. 
9. 左ペインに 制限酵素 BamHI の 認識部位 の数が表示されます。
10. BamHI の チェックボックス にチェックします。
11. 
12. 右ペインに BamHI の認識配列 と 切断部位、塩基位置 などが表示されます。
13. この部位で 消化切断 するため、右ペインの 切断部位 にチェックします（複数指定可能）。
14. メインフィーチャーマップ の 配列レーン と フィーチャーレーン にその位置が表示されます。
15. 
16. Digestion をクリックします。確認メッセージ が表示されます。
17. はい（y）をクリックします。
18. Digestion List ダイアログが表示されます。
19. 
20. Digestion List にある 消化断片 にチェックします（複数指定可能）。
21. 
22. Load をクリックします。
23. 確認メッセージ が表示されます。
24. OKをクリックします。
25. メインディレクトリ に 消化断片 が ロード されます。
26. 環状プラスミド は、開環され 線状プラスミド となっています。
27. 
28. Digestion List をクローズします。
29. Recognition Site ダイアログをクローズします。

次に、プラスミドに挿入するDNA断片を作成します。

1. DNA断片を得るために、ゲノム塩基配列 ををロードします。
2. ここでは例として、Bsub_50kb.gbk をロードします。
3. プラスミド と同様に、制限酵素 BamHI で 消化切断 します。Bsub_50kb.gbk には6か所の BamHI認識部位 があります。
4. 
5. 操作は プラスミドの開環 と同様です。
6. Select All　をクリックします。
7. すべての 認識部位 にチェックが入ります。
8. 
9. Digestion をクリックします。
10. 確認メッセージ が表示されます。
11. はい（Y)をクリックします。
12. Digestion List ダイアログ が表示されます。Select All をクリックします。
13. Load をクリックします。
14. 確認メッセージ が表示されます。
15. OKをクリックします。
16. メインディレクトリ に線状の 消化断 片が全部 ロード されています。

次に、開環された プラスミド と ゲノム消化断片 の ライゲーション を実行します。

1. 開環された プラスミド を選択します。
2. その フィーチャーマップ が表示されます。
3. 
4. メニューからCloning -> Ligation -> Simple Ligation をクリックします。
5. 
6. Ligationダイアログ が表示され、ライゲーション できる断片のリストが表示されます。
7. pColdV-BamHI-1.gbk の1st ラジオボタン をオンにします。
8. Bsub_50kb-BamHI-n.gbk のいずれかの2nd ラジオボタン をオンにします。Ligation をクリックします。
9. 
10. 確認メッセージ が表示されます。
11. はい（Y)をクリックします。
12. Ligation List ダイアログ が表示されます。
13. 
14. Select All をクリックします。
15. 
16. Load をクリックします。
17. 確認メッセージ が表示されます。
18. OKをクリックします。
19. メインディレクトリ に4つの ライゲーション産物配列 が ロード されます。
20. 
21. Ligation List をクローズします。
22. Ligation ダイアログ をクローズします。
23. Ligation産物配列 の一つをクリックし、フィーチャーマップ に表示します。

インサートされた プラスミド の プラスミドマップ を描画します。

1. メニューから Window -> Plasmid Map Viewer… をクリックします。
2. 
3. 確認メッセージが表示されます。
4. はい（Y)をクリックします。
5. Select Insert DNA ダイアログ が表示されます。
6. 
7. インサートされたされた断片を選択します。
8. プラスミドマップ描画ダイアログ が表示されます。
9. 
10. 「Plasmid + Insert」をオンにします。
11. 
12. Insert DNA 欄のAddをクリックします。
13. Plasmid Map Lane Style Setting ダイアログ が表示されます。
14. 
15. 表示する フィーチャーキー を選択します。
16. ここでは例として、CDS を選択します。
17. 
18. Set をクリックします。
19. Draw をクリックします。
20. 右側の カンバス に インサート が 吹き出し となった プラスミドマップ が表示されます。
21. 

プラスミドマップの描画調整方法

インサート表示領域がカンバスから上にはみ出てしまう場合

ページのサイズを大きくするか、縦にします。

1. Page Setup…をクリックします。
2. ページ設定ダイアログが表示されます。
3. 
4. 印刷の向きを「縦」にします。あるいは、用紙サイズを大きくします。
5. 

環状領域の半径を小さくします。

1. Diameter of Circle を小さい値に変更します。
2. 
3. Draw をクリックします。
4. 

インサート表示領域がカンバスから左右にはみ出てしまう場合

ページサイズを大きくするか、横にします。

1. Page Setup…をクリックします。
2. ページ設定ダイアログが表示されます。
3. 印刷の向きを「横」にします。あるいは、用紙サイズを大きくします。

インサート領域のサイズを変更します。

1. LengthおよびHeight of Insertの値を変更します。
2. Drawをクリックします。