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アノテーションされていないカレントゲノム塩基配列からORF候補を抽出します。

操作

ORFを抽出するゲノム塩基配列をカレント配列として、メインフィーチャーマップに表示します。

メニューからGenome Analysis -> ORF -> ORF Extraction… をクリックします。

「Range Setting」ダイアログが表示されます。

「Only longest ORFｓ are extracted in case of overlap」にチェックします。

「Run」をクリックします。

確認メッセージ「Start ORF Search?」が表示されます。

「はい（Y)」をクリックします。

「ORF　Site」ダイアログが表示されます。

抽出されたORF候補はその塩基長により、Long,Middle、Shortの3種類に分類されています。

なお、Long, Middle, Shortの塩基長の範囲の設定は、こちらで変更できます。

左側ペインには、この塩基長別の抽出ORF数が表示されます。

左側ペインのチェックボックスにチェックすると、右側ペインにチェックされた塩基長分類に属するORF候補が表示されます。

最初に長いORF候補だけチェックすることも可能です。

右側ペインに下側にあるボタンはチェックボックス選択用のボタンです。

「Select All」をクリックします。

右側ペインの全ORF候補にチェックされます。

「Insert New Feature」をクリックします。

確認メッセージ「Insert New Feature?」が表示されます。

「はい（Y)」をクリックします。

ORF候補がカレントゲノム配列に登録されます。

完了メッセージが表示されます。

「OK」をクリックします。

メインフィーチャーマップにORF候補が登録され、表示されます。

「ORF　Site」ダイアログが開いている場合は、ORF候補行の１つをクリックすると、そのORF候補がハイライトされ、フィーチャーマップが自動的に水平にスクロールします（スクロールしない場合もあります）。

 登録されたORF候補の情報を別途ファイル保存したい場合は、「CSV…」あるいは「FastA…」ボタンを使用して、保存します。

このとき、各列のチェックボックスにチェックされた項目だけがファイル保存対象となります。

メニューからFile -> Save… をクリックして、カレントゲノム配列を上書きします。

このとき、FastAファイルは、自動的にGenBank あるいは　EMBL ファイルに変換されています。

保存をしないで終了すると、ORF候補のフィーチャー登録は破棄されます。