原核生物のゲノム配列から、外部ツールMetaGeneAnnotatorを用いて遺伝子(CDS)を予測します。
操作
- 遺伝子予測の対象ゲノム配列をカレントフォルダー上にロードします。通常はFastA形式の塩基配列ファイルをロードしますが、すでにある程度アノテーションが付加されているGenBank/EMBL形式の塩基配列ファイルでも構いません。
- ロードされた塩基配列がカレントゲノムとしてメインフィーチャーマップに表示されていることを確認します。
- メインメニューから
Genome Analysis > ORF Finder > Prokaryotic Gene Prediction by MetaGeneAnnotatorを選択します。 - MetaGeneAnnotatorの実行確認ダイアログが表示されます。「Show Parameter...」をクリックし、実行オプションを選択します。単一ゲノムからの塩基配列の場合は「-s」を選択します。メタゲノムからの塩基配列の場合は「-m」を選択します。
- 「はい(Y)」をクリックすると、実行が開始され、実行中は進捗ダイアログが表示されます。
- 予測処理が終了すると、ダイアログが閉じられ、予測されたCDSがカレントゲノム上にフィーチャーとして登録・表示されます。リボソーム結合部位(RBS)が検出された場合は、RBSフィーチャーも併せて登録されます。
- この予測結果は保存されていないため、保存したい場合は「Save」あるいは「Save As」機能を使用して結果を保存します。