IMC B2DA31 フィーチャーレーン上の選択領域のCDSをクエリーとしてBlast検索する作成日:2018年10月18日 | 最終更新日:2018年11月15日 | 印刷 | 参照数: 3711メインフィーチャーマップ の フィーチャーレーン の選択領域に含まれる CDS フィーチャーを クエリー配列 として、Blast を使用した ホモロジー検索 を実行します。 ホモロジー検索結果は各フィーチャーの Qualifier に記録されます。 これらのQualifierを使用して、フィーチャー の形状、カラー、ラベル などをそれらに従って表示することができます。 操作 コーディング領域 が同定されており、CDSフィーチャーとして登録されているゲノム配列を カレントフィーチャーマップ にロードします。 カレント参照ディレクトリ には、サンプルデータ として E_coli.gbk と S_typhimurium.gbk をロードしておきます。 マウスをドラッグして、Blast検索 を実行する領域を選択します。 選択領域 上でマウス右クリックします。 メニューが表示されます。 「Homology Search by Selected Feature」をクリックします。 「Batch Homology Setting」ダイアログが表示されます。 カレントレファレンスディレクトリ にロードされているゲノム配列の塩基配列とアミノ酸配列が Blast検索用データベース として選択できるようになっています。 この他にも 検索用データベース を作成し、ここにリストアップすることができます。(こちら) ここでは、例として、E_coli.gbkの AA-REF とS_typhimurium.gbkのAA-REFをチェックし、検索用データベースとします。 「Run」をクリックします。 「Start Homology Search?」実行確認ダイアログ が表示されます。 「Show Parameter…」をクリックします。 実行確認ダイアログが拡大し表示され、Blast検索実行パラメータ が表示されます。 「Result Setting 欄の「Maximum Number of Hits」入力フィールドに 最大ヒット数 を正の整数で直接入力します。 これは、クエリー 毎にいくつの検索結果を保存するかを指定します。 入力した数値以上のヒットは保存されませんが、ヒット数が少ない場合などは、この数値をより少ないヒットが保存されます。 ここでは、これを5に設定します。 「はい(Y)」をクリックします。 Blast検索の実行が開始されます。 実行中は、進捗メッセージ が表示されます。 検索が終了すると、検索結果ダイアログ が表示されます。 このダイアログから 手動アノテーション を実行できます(説明はこちら)。 「Auto Copy]が設定されている場合は、トップヒット のQualifierの指定されたものが自動的に クエリーCDS に登録されます。 「Auto Copy」の説明はこちらです。 検索結果ダイアログからは手動アノテーションできます。手動アノテーションはこちら。 自動転記 された結果を閲覧します。 Toolbox からラベルボタンをオンにします。CDSフィーチャーの上にラベルが表示されます。 下の場合は、gene がラベルとされています。 ラベルボタン をオフにします。 CDSフィーチャーの上のラベルが消えます。 ラベルボタンをオフにしてもラベルが消えない場合は、そのラベルが「Permanent Label」となっているためです。 これを解除するには、「Feature Setting」ダイアログの「Feature Map」タブペイン からその設定を変更する必要があります。 Toolboxから「EC」ボタンをクリックします。 EC番号 を転記されたCDSは EC番号 に割り当てられたカラーで表示されます。 このカラー設定は、「EC_number」タブペインで変更できます。 ToolBoxから「BL」ボタンをクリックします。 ヒットしたCDSフィーチャーは Blastスコアカラー で表示されます。 このカラーの設定は、「Blast Color」タブペインで変更できます。 Blastスコアカラーは ヒット領域 別で表示されますが、アミノ酸残基 単位、あるいは 塩基単位 でのカラー表示も可能です。 このカラー設定は、「Blast Color」タブペインで変更できます。 ラベルとして使用するQualifierを変更する場合は「Feature Map」から変更します。 「gene」から「product」に変更します。 ラベルとして、CDSフィーチャーのQualifier「product」が使用されています。 前へ 次へ