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このタブペインでは、アミノ酸プロファイル の各種パラメータ設定を変更できます。

アミノ酸プロファイルの描画においては、スライディングウィンドウ（移動平均）アルゴリズムを用いているため、主としてスライディングウィンドウの設定に必要なパラメータ設定を行います。

Total Score　セクション

アミノ酸プロファイル機能では、個々のアミノ酸プロファイルの結果を線形結合した トータルプロファイル を描画できます。このセクションではトータルプロファイルに関するパラメータを設定します。

Window Size テキストフィールド：　正の整数を入力します。スライディングウィンドウの ウィンドウサイズ を指定します。ウィンドウの中心の残基を含むウィンドウ内の残基数となります。プロファイルの値は、このウィンドウ内のすべての残基上の値の平均値となります。この値を大きくすると、プロファイルはより滑らかとなり、おおまかな変化を見るために使用します。この値を小さくすると、局所的な変化を見るために使用します。

Step Size　テキストフィールド：　正の整数を入力します。この値だけウィンドウ中央のアミノ酸残基をシフトします。

Color for Lower Value カラーボックス：プロファイルの棒グラムは平均値のラインから上下に描かれます。このため、平均値より低いプロファイル値は、平均値を底辺としてそこから下方に描画されます。

Color for Upper Value カラーボックス：平均値より高いプロファイル値をこの指定カラーで上方にむけた棒グラフとして描画します。

Calculation セクション

Normalization　Without Normalization　トグルラジオボタン：　計算された個々のアミノ酸プロファイル値をそのまま使用します。

Normalization 0.0<=x<=1.0 トグルラジオボタン：個々のアミノ酸プロファイルの最大値が1.0、最小値が0.0となるように線形変換します。

Normalization -1.0<=x<=1.0 トグルラジオボタン：個々のアミノ酸プロファイルの最大値が1.0、最小値が-1.0となるように線形変換します。

Weighted Window|Even Weighted Window トグルラジオボタン：　

Weighted Window|Linearly Weighted Window トグルラジオボタン：

Minimum Weight　テキストフィールド：0< x <1の値を入力します。

Motif Search　セクション

Amino Acid Profile's　Motif List ボタン：　クリックすると、Amino Acid Profile's Motif Listダイアログが起動します。このダイアログの説明は、こちら　です。

Set Amino Acid Profileｓ　セクションアミノ酸プロファイルのリストです。個々のプロファイルでは、以下の設定が可能です。

解析方法表示チェックボックス：チェックすると、そのプロファイルが、Show A.A. Profile(s)で起動されるAmino Acid Profile(s)結果ダイアログに表示されます。

Scale｜Auto　トグルラジオボタン：オンにすると、プロファイルの目盛り値が自動的に設定されます。

Scale｜Custom　トグルラジオボタン：オンにすると、プロファイルの目盛り値を設定できます。

Upper 入力フィールド：　表示するプロファイルの最大表示値を実数値で入力します。

Center　入力フィールド：　表示するプロファイルの中央線の値を実数値で入力します。

Lower　入力フィールド：　表示するプロファイルの最小表示値を実数値で入力します。

Window Size 入力フィールド：　このプロファイルのウィンドウの幅をアミノ酸残基数で入力します。正の奇数値を指定します。

Step Size　入力フィールド：　このプロファイルのステップサイズをアミノ酸残基数で入力します。正の整数値を指定します。

Total Score Weight 入力フィールド：Total Scoreを計算する場合にこのプロファイル値に与えるウェイト値を指定します。正の実数値を指定します。

Feature Setting 共通操作ボタンについてはこちらをご覧ください。