塩基配列パターンの登録
- パターン登録ボタン(□)(Bxx)を押すと、パターン登録(PatternRegistration)ダイアログ(Dxx)が開きます。
- このパターン登録ダイアログ(Dxx)では一度に1つの塩基配列パターンにユニークな名前(パターンネーム)をつけて登録することができます。
- このとき、すでに登録されているパターンネームを登録すると、Overwrite しますか?という上書き警告メッセージ(MSGxx)が表示されます。
- Yes と答えると以前に登録されたパターンは上書きされてしまいます。
- No と答えると、パターン認識ダイアログはそのまま表示されているので、パターンネームをユニークなものに変更して、保存(Save)ボタン(Bxx)を押します。
- パターンは他のソースからコピーアンドペーストでもってくることも可能です。
- さらに、IMC メインウィンドウ(W1)の塩基配列をドラッグして指定し、直接塩基配列パターンとして登録することも可能です。
- IMC メインウィンドウ(W1)に表示されている塩基配列(どちらのストランドでも指定可能です)の任意の位置にマウスカーソルをもっていきドラッグするとその領域がピンク色の網掛けに変化します。
- そこで、マウスの右ボタンをクリックすると、プルダウンメニューが現れます。
- そのメニューの中に、PatternRegistration(MExx)というメニュー項目がありますので、それをマウス左クリックすると、網掛けの領域がパターンとして表示されているパターン登録ダイアログ(Dxx)
が表示されます。
- これにユニークなパターンネームを入力して、保存(Save)ボタン(Bxx)を押すと塩基配列パターンが登録されます。
登録された塩基配列パターンの保存
- パターン登録ダイアログ(Dxx)を使用して登録された塩基配列パターンはIMC が終了した時点で、設定ファイル(Fxx)に保存されます。
- 次回、IMC 起動時にはこの設定ファイル(Fxx)が自動的に読み込まれますので、登録塩基配列パターンは意図的に削除するか、システムの動作環境を変えない限り保存されます。
登録された塩基配列パターンの削除
- 一度登録された塩基配列パターンはパターンマッチボタン(Bxx)を押すと表示されるパターンマッチダイアログ(Dxx)にて、任意に削除することが可能です。
- パターンマッチダイアログ(Dxx)には、すでに登録されている全塩基配列パターンのリストが表示されるので、削除したいパターンのUSE チェックボックスにチェックし、パターンマッチダイアログ(Dxx)下部の削除(Delete)ボタン(Bxx)を押すと、チェックマークのついたパターンはすべて削除されます。
- このとき、削除確認メッセージ(MSGxx)が表示されます。
- Yes と答えると削除が実行され、削除された塩基配列パターンがリストから取り除かれ、削除されなかった残りの塩基配列パターンのみが表示されます。
- No と答えると削除は実行されず、パターンマッチダイアログはそのまま表示されます。
登録されたパターンを使ってDNA 配列を探索する
- パターンマッチボタン(Bxx)をマウス右クリックすると表示されるパターンマッチダイアログ(Dxx)のSelectPatten リスト(Lxx)から、見つけたい塩基配列パターンを1つ以上選択(Select)します。
- 選択はUSE チェックボックスにマウス右クリックでチェックマークをつけることで行われます。
- 他の項目をマウス右クリックすると項目が反転しますが、これは選択された状態ではありません。
- リストにある塩基配列パターンをすべて使用したい場合は、下部のAllSelect ボタン(Bxx)を右クリックすると、全部のパターンにチェックマークがつきます。
- リストの中から、いくつかのパターンを除外して残りすべてを選択したい場合は、まず、除外したいパターン(複数可)にチェックマークをつけ、その後、Reverse Selection ボタン(Bxx)をマウス右クリックすると、これまでチェックマークがついていたパターンからチェックマークがとれ、逆にチェックマークがついていなかったパターンにチェックマークが付加されます。
- すなわち、マークされているパターンを逆転させるボタンとなっています。
- Search ボタン(Bxx)をマウス右クリックすると、全塩基配列についてパターン探索が行われます。
- 探索はパターンとの完全一致で行われますが、このとき、下記の塩基配列コードを使用することができるため、ミスマッチを許容する不完全一致探索も可能となっています。
核酸表記コード
表が入る
塩基配列パターン探索結果の表示
- 探索の実行が終了すると、その結果がパターンマッチサイトWindow(Wxx)に表示されます。
- パターンの発見された箇所すべてが、1箇所1行のリストとなっています。
- 表示されているリストのうち1行をマウス右クリックすると、その行が示すパターンが発見されたDNA 配列上の位置を含む塩基配列が塩基配列表示領域に表示され、かつパ
ターンが一致した領域が色つき網掛け表示されます。
- さらに、FK 表示領域についても、塩基配列位置指示ラインカーソルが移動します。別な行をクリックすると、そのパター
ン位置にジャンプします。
塩基配列パターン探索結果の保存
- 塩基配列パターン探索結果リストの任意の行のチェックボックスを右クリックして、チェックボックスにチェックマークをつけて、下部の保存(Save)ボタン(Bxx)をマウス右クリックすると、チェックされた位置および前後の遺伝子名(GeneName)、およびその周辺の塩基配列がCSV 形式でファイルとして保存されます。
- このファイルはテキストエディター、あるいはEXCEL などのソフトウェアで読み込むことができます。
- さらに、このファイルは塩基配列類似領域の特徴を解析することなどに利用できます。
塩基配列パターン探索位置のフィーチャーキー(FK)としての登録
- パターン探索結果として発見された一致位置は新規フィーチャーキー(FK)として登録することが可能です。
- 発見されたパターン位置の任意の行にチェックマークをつけ、下部のFK 登録ボタン(Bxx)をマウス右クリックすると、フィーチャーキー登録ウィンドウ(Wxx)が表示されるので、必要な項目に値を設定した保存ボタンをマウス右クリックすることで、同時にすべての位置にFK 情報が設定されます。
- 位置の情報はこの場合変更することはできませんが、一度、登録した後、再度ひとつひとつの位置についてフィーチェーキーの再設定をすれば位置の変更も可能です。
- この機能については、フィーチャーキーの新規および更新登録の項を参照ください。
塩基配列パターン探索領域の限定
- 塩基配列パターンの探索機能では、その範囲を限定することも可能です。
- まず、リーディングストランドのみに探索を限定したい場合は、Search ボタン(Bxx)を押す前に、探索方向(Direction)を選択します。
- デフォールトは両ストランドの探索となっていますが、どちらか片側のストランドのみを探索したい場合は、Forward ボタンあるいはReverse ボタンのいずれかをマウス右クリックし、探索領域を指定します。
- 探索の位置を限定したい場合は、探索前に探索開始塩基位置(From)および探索終了塩基位置(To)を指定します。
- Complement ストランドを探索する場合でもFrom の位置はTo の位置よりも左(少ない)ように設定します。
- このとき、非常に大きなDNA 配列全体を短い塩基配列パターンで探索すると、発見される一致箇所が非常に長くなりますので、このような場合には範囲を限定してから、探索を実行することをお勧めします。