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IMC L01B 参照ゲノムマップに近縁種ロード・検索DB自動生成

近縁種のゲノムをBlast検索用のレファレンスデータベースとして自動生成する方法です。

 

Menu: File -> Load Sequence Files to Reference…

  • Reference Directoryに近縁種のゲノム(アノテーションが付いたもの)をロードします。
  • ロードが完了するとBlast検索用データベースが2種類自動的に生成されます。
  • ゲノム全体の塩基配列を核酸DBとして生成。
  • 全CDSのアミノ酸配列をそれぞれエントリーとしたアミノ酸DBとして生成。

以下は上記を利用した一括相動性検索方法です。

Menu: File -> Load Sequence File(s)

  • 未アノテーションのゲノム塩基配列をMain Directoryにロードします。
  • ロードしたゲノム塩基配列が複数のコンティグに分かれている場合は、Join機能を使って仮想的に1本の配列にしておくと便利です。(Join機能はここを参照してください)

Menu: Analysis -> ORF Finder -> ORF Extraction…

  • 1本にされた未アノテーションのゲノム塩基配列に対して、ORF抽出を実行します。
  • Only longest ORFs are extracted … にチェックしておきます。
  • Search Rangeが赤く反転している場合は、ゲノム塩基配列の一部だけが選択されています。全長について解析を行う場合は、From Toを変更して全長指定にする必要があります。
  • ORF抽出の実行が終わると、メインフィーチャーマップ上に抽出されたORFが表示されます。
  • (塩基配列に遺伝子同定結果をマッピングする方法もあります)

 

Menu: Analysis -> ORF Finder -> Translation

  • ORF抽出の結果に対して、Translationを行います。
  • Codon Tableを変更する必要がある場合は、その番号を変えておきます
  • 実行が終わると、ORFフィーチャーがCDSフィーチャーに変わります。

 

Menu: Analysis -> Homology Search for Selected Feature Key

  • アミノ酸翻訳されたメインフィーチャーマップ上の未アノテーションの各CDSについて参照ゲノムとしてロードされた近縁種ゲノムに対して相同性検索を実行し、ヒットしたサブジェクトから自動的に注釈を抽出して、アノテーションを実行します。

 

(Menu: Settings -> Feature Setting.. TAB: Auto Copy

  • (参照ゲノム上のどの情報が抽出されるかを詳細に設定するには、Feature Settingを使用します)
  • 実行が終了すると、ヒットした情報が転記され、アノテーション付加されます。

 

Menu: File -> Save as…

  • 結果を保存するため、アノテーションされたファイルを別名で保存します。
  • (ファイル保存しなくとも、結果は自動的に保存されていますが、重ねて他の解析を実行すると相同性解析の結果と混じりあってしまいます)

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