IMCのフィーチャーマップ上で、1個のフィーチャーのラベルが重なって表示されます。
見づらいのでこれを回避する方法はありませんか？

ラベルが重なるのは、そこに２つのフィーチャーキーがあるためです。
サンプルの枯草菌の場合は、遺伝子１つに対して、geneフィーチャーとCDSフィーチャーがありますから、
同じ位置にgeneとCDSが重なり、そのラベルも重なって表示されます。
「Ａ．どちらか１つのラベルのみを表示するように設定する」、あるいは「Ｂ．どちらか一方のフィーチャーだけを表示する」と
重なりを取り除くことができます。

Ａ．どちらか１つラベルのみを表示するように設定する。
　　１.Menu --> Option Setting --> Feature Settingを開きます。
　　２．たとえば、geneの方のラベルを活かし、CDSのラベルを非表示にする場合は、
　　　　CDSの行の右端から2番目のチェックを外します。
　　３．ボタンツールのLBをオフにします。

Ｂ．どちらか一方のフィーチャーだけを表示する
　　１．Menu --> Option Setting --> Layout Style
　　２．Forward ....の行にチェックします。
　　３．Editボタンをクリックします。
　　４．Featureフィールドの判定しているフィーチャーをCDSだけにします。
　　５．Setボタンをクリックします。
　　６．Applyボタンをクリックします。
他にもいろいろ対処方法がありますが、まずはこれで試してください。

Aの方法ではLBをオフにすると、すべてのラベル表示が消えてしまいました。
Bの方法ではLayout Styleが見つかりませんでした。

提示頂いた方法ではうまく対処できませんでしたが、ラベルが重なっているだけだと分かりましたので、line数を増やして対応しました。当初はVISTAに変更した影響なのかと考えていましたので、大変助かりました。

Layout Styleが見つからなかったことは少し気になります。また、さらに良い解決策があればぜひ教えて頂きたいですが、当面は問題なく使用できると思います。

ボタンについては利用者がそれぞれのボタンを表示しないように設定することもできますので、
もしかしたら非表示とされているかもしれません。

Menu --> Option Setting --> Setupでチェックをはずすとそのボタンが表示されなくなります。