IMCにて作成したgenbankファイルのQualifiersの書式がver.4.3.4Dでは、
/note=abcdefghi のように'"'ダブルクォーテーションで囲まれなくなっています。
文字列は'"'ダブルクォーテーションにて囲んで欲しいのですが、
仕様はどのようになっているのでしょうか？

仕様としては、「あるがまま」に出力することとしています。
すなわち、「ダブルクォートで囲まれた文字列は囲み、囲まれていない文字列は囲まない」、というものです。

しかし、指摘の現象が発生するのは、バグでした。
現在修正の作業とテストを行っていますので、次回リリースで対応します。
仕様も変更し、DDBJ/EMBL/GenBankの規定にあるQualifierについては、規定に準拠した変換を行います。

IMC Version 4.3.8においてこのバグおよびこれに伴う仕様が修正されました。