MacOSX Lionにバージョンアップした後の対処ですが、ドングルの件はすでにIMCのホームページに掲載されています．しかし、ホモロジーサーチなど、BLASTを介した処理をしようとすると、
「PowerPCアプリケーションは現在サポートされていないため、アプリケーションblastallを開けません」という表示が出てエラーになる場合があります．この場合はネット経由でもいいので、BLASTの新しいバージョンftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/2.2.25/からblast-2.2.25-universal-macosx.tar.gzをダウンロードして、適当な場所に保存してからIMCのFeature SettingからCommandsを選択して、BLASTなどのパスを再設定して再起動すると、うまく走るようになります．
Netblastとclustralwに関しては、まだ試していません・・・

Mac OS X　10.7 Lionでの動作情報ありがとうございます。

現在IMCの開発は、「ドングル版と固定版のインストーラ統合」および「AE, GEおよびSEのインストーラ統合」開発中で、Lion対応はその次の開発課題となっておりますので、このような動作情報のご提供に感謝いたします。