CSVをImportしてFeatureを追加して保存し、開き直すと、添付の画像のように、塩基配列にNが入りおかしくなってしまいました。

IMGのVersionは、5.0.13Dです。

保存された塩基配列ファイルを読み込むときに、アミノ酸配列として読み込む設定になっていませんか？
"File" メニューの３番目のサブメニューです。これが、"Load Sequence as Nucleotide" あるいは"Auto Format Check.."となっていれば、ＯＫですが、"Load Sequence as Amino Acids" となっていると読み込んだ配列を強制的にアミノ酸配列として認識し、核酸配列に逆翻訳してしまいます。

FileメニューからAuto Format Checkを選択し、Load Sequence as Nucleotideに変更したら、正常に読み込まれました。ありがとうございます。