配列だけのGenbankファイルを開き、CSVをImportするとOut of memoryエラーが発生します。
CSVファイルは5000行程度で、ファイルサイズも400KB程度です。

セキュリティの関係上、このファイルを送って検証して頂くことができないのですが、
何が原因として考えられるでしょうか？

GenBankファイルには配列以外に定義行などいくつかの必須行が必要です。
「配列だけ」のGenBankファイルとはどのようなファイルでしょうか？

IMCでFastaファイルを開き、SaveでGenbank形式で保存した、Featureがないファイルのことです。
なので定義行はあります。

おそらく、そのCSVファイルのどこかの行が解析できず、変なループに入ってしまったものと思われます。
データは機密ということなので、そのCSVファイルを半分に切断して、落ちる方をさらに半分にするという
バイナリーサーチの方法で、その原因となる箇所を同定します。

また、コマンドプロンプトあるいはターミナルからコマンドラインでIMCを実行すると、より詳しいエラー
メッセージが得られる場合があります。

IMCのトラブル時起動方法は こちら です。