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short ORF 抽出方法を教えてくれませんか？
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short ORF 抽出方法を教えてくれませんか？ 14 年 5 ヶ月 前 #262

ゲノム配列から長さ300bp以下のORFを抽出したいですが、何方が教えてくれませんか？
宜しくお願いします。

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Short ORFのみを新規に同定する方法です。 14 年 5 ヶ月 前 #263

新規に300bp以下のORFを抽出する方法は以下のの通りです。
  1. "Option Setting" --> "Feature Setting" --> "Genome Analysis" Tabを選択します。
  2. Genome Analysisのオプション設定ダイアログが表示されます。
  3. ORF Extraction Settingフィールドで、Short ORFに300を入力します。Long ORFとMiddle ORFにはそれより大きい塩基数をセット（例えば、Long ORF=1500, Middle ORF=600など）します。
  4. Applyボタンをクリックし、設定を確定します。
  5. "Genome Analysis" --> "ORF Extraction..."を選択します。
  6. "Range Setting" ダイアログが表示されます。
  7. ここで、同一領域により長いORFが存在する場合は、最長のORFのみを抽出対象に設定するため、"Only longest ORFs are extracted in case of overlapping ORFs" にチェックします。
  8. "Set"ボタンをクリックします。確認メッセージにOKをクリックします。
  9. ORF抽出結果ウィンドウが表示されます。
  10. "Short" をチェックします。
  11. 右側のリストに300bp以下のORFが表示されます。
次のユーザーが感謝しています: LongZhu

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最終編集: : akr-sp-1212728882.

すでに長いORFが抽出されている場合は以下の方法です。 14 年 5 ヶ月 前 #264

  1. "Genome Analysis" --> "ORF Extraction..."選択までは「新規抽出」と同じです。
  2. "Range Setting"ダイアログで、"Intergenic Region"にチェックし、Upstream basesとDownstream basesに適当な塩基数を設定し、"Set"ボタンをクリックします。
  3. するとすでに存在する長いORFの間の領域だけからShort ORFを抽出します。
次のユーザーが感謝しています: LongZhu

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Re: Short ORFのみを新規に同定する方法です。 14 年 5 ヶ月 前 #265

ありがとうございます。以外と簡単でした。

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