HPで方法を確認しましたが、IMCを使った場合の付与方法が判りません。
また、NCBI FTP site ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COGのmyva1...ードは付与されないのではないでしょうか？

この操作方法は、以下のチュートリアルに簡単に記載されていますので、参照ください。
COB機能分類コードの自動付加

HPに記載されているmyvaファイルはダウンロードできず、
NCBI FTPのmyvaファイルをダウンロードしましたが、分類コードは付与されません。

この機能は、比較的新しい機能です。
IMC Version 4.2.13以降で実行可能ですので、現在使用されているVersionがそれより新しいVersionであることが必要となります。最新Versionをインストールしてください。