IMC環境で、MetaGenomeAnnotator, tRNAScan-SE, RNAmmerを使用したいので、External Annotation Serverの利用方法を教えて下さい。

これには、MacあるいはLinuxサーバが必要となります。
また、Linuxに関するある程度の技術・知識が必要となります。
RNAmmerなどのインストール方法は、それぞれのドキュメントを参照してください。

それぞれのソフトウェアは、
/optというディレクトリ以下にインストールする必要があります。
MetaGenomeAnnototorは、
/opt/mga
tRNAScan-SEは、
/opt/tRNAscan-SE
RNAmmerは、
/opt/rnammer
にインストールします。
RNAmmerについては、この他に
/opt/hmmer-2.3.2
のインストールが必要となります。

これらのインストールを実行された後、そのサーバとIMCが動作するPCとが
インターネット経由で接続されている必要があります。
IMCへの設定は以下のようにします。

1. メニューからOption Setting --> Option Setting --> External Serverタブを選択します。
2. 外部サーバのHost nameあるいはIP Addressを設定し、ユーザ名とパスワードを指定します。
3. Connection Testを行います。

以上で設定が完了します。
（なお、ご参考までに弊社では上記のソフトウェアをプレインストールしたサーバを販売しております）。

実行は以下のようにします。

1. メニューからGenome Analysis --> Auto Annotationを選択します。
2. 結果を保存するための作業領域を指定します。
3. アノテーションするゲノム塩基配列を指定します。
4. Use External Server Commandにチェックします。
5. 外部サーバのHost name等を設定します。
6. 実行するソフトウェアにチェックします。
7. ホモロジー検索をする場合には、あらかじめDBを登録しておき、そのDBにチェックします。
8. Setボタンをクリックすると実行されます。