いろいろな機能のupdateしていただき、ありがとうございます。
質問とお願いです。
（１）
tilling arrayのデータを持つfileから、
選択した領域の
TillingArrayのfeature以外の配列をfeature付きでコピーしたいのですが、どのようにすれば良いのでしょうか？
tilling arrayの情報と一緒にコピーすると、情報量が多すぎてコピーに時間がかかり、特に長い領域だとコピーできない時もあります。
現在は、コピーした後TillingArrayのfeatureを消去して使用しています。
（２）
Copy Reverse complement sequenceという機能がありますが、
Copy Reverse complement sequence and feature(s)はないのでしょうか？
featureも反対にして挿入したいので、無ければ是非、追加してください。
（３）
CDSにアミノ酸配列が付いていない時にtranslationを選んで情報を追加するのですが、逆向きの遺伝子には正確にアミノ酸が翻訳されません。
trasl_tableのsettingが間違っているのでしょうか？
お教えください。

ORF Extractionのバグは、ORF範囲の塩基配列を1塩基分多く設定してしまうものでしたが、これがReverse側のORFとなると最初に1塩基余計につくことになり、結果として読み枠がずれてしまいました。
現在バグ修正作業中です。

Copy Reverse complement sequence and feature(s)は現在は実装されていません。
ご指摘のように、
Copy Sequence
Copy Reverse Complement Sequence
Copy Sequence and Feature(s)
の3種があって、1種だけないのはインバランスなので、今後の開発案件に追加します。

GenBankファイルの整形用に、Feature & Qualifierのフィルタリング機能があります。
この機能は、現在ｎGenBank/EMBLファイルから、指定したFeature KeyあるいはQualifierを除去したGenBank/EMBLファイルを生成するものです。
メニューから、Option Setting --> Screening でFeatureのTilingArrayにチェックを入れて、
Save as ...を行います。このとき、安全策として、Screen Feature(s)にチェックしないとフィルタリングされません。