Paired End Mappingを実行する際のライブラリーサイズの情報が
マッピングされたリードに反映させたいのですが、
どうしたらよいか、教えていただきたく存じます。

Paired-End Mapping結果は、以下の5種に分類されます。
1. Normal: 同一コンティグ上でかつ指定サイズ範囲内にマッピングされたペア
2. Abnormal: 同一コンティグ上でかつ指定サイズ範囲外にマッピングされるペア
3. Bridge: 別コンティグ上にマッピングされるペア
4. Single Hit: ペアの一方だけがマッピングされたもの
5. No Hit: ペアのいずれもマッピングできなかったもの
現Versionでは、1と2をマッピング結果に含めているため、Abnormalデータも結果表示されてしまいます。
今後のVersionでは2のAbnormalを非表示あるいは別カラーで表示するオプションを追加する予定です。