MiGAPでアノテーションした結果には、locus_tagが振られていないので、
ゲノムの先頭から連番でlocus_tagを付加する機能が欲しいです。
prefix + 連番で、prefixを指定したいです。

今月中に開発し、遅くとも来月中旬までにリリースします。

2011年7月2日リリースのIMC Version 4.3.14にて実装しました。
メニューからEdit --> Sequential Numbers are attached to any qualifiersを選択します。
任意のFeature Keyの任意のQualifierに連番を付加できます。