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GT のアラインメントビューア は、GT メインウィンドウ の TREE Pane から起動できます。

起動するには、インポート、アセンブリ、マッピング などの一次解析が実行された Analysisノード が登録されており、そこに解析データが存在することが必要です。

アラインメントビューア を起動するためには、更にそれらの解析データが BAM 形式で保存されていることが必要です。

アセンブリ 結果は、実行終了後は afg 形式 で出力・保存されているため、アラインメントビューア を起動する前に、afg 形式 から BAM 形式 へのファイル変換が必要です。

この操作はノード上で実行できます。

実装エディション

GenomeTraveler

操作

1. ここでは トレーニングデータ を使用して説明します。
2. GTメインウィンドウ のTree ペインの root ノード の上で、マウス右クリックします。
3. メニューが表示されます。
4. Expand All を選択します。
5. 
6. Treeが展開されます。
7. Analysis ノードが展開されていない場合は、そのノードをダブルクリックするか、ノードの前の「+」をクリックします。
8. ノードが全部展開されます。
9. 
10. ファイル拡張子が bam の場合はその上でマウス右クリックします。
11. メニューが表示されます。
12. 
13. 「Show Read Alignment…」を選択します。
14. データ変換が必要な場合は、変換実行確認メッセージが表示されます。
15. 
16. 「はい（Y)」をクリックします。
17. 変換処理と起動処理が開始されます。
18. 変換実行中は、進捗メッセージが表示されます。
19. 
20. 変換が終了すると、アライメントビューアが起動します。
21. 
22. 起動したアラインメントビューアを適当な大きさにリサイズします。
23.