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ゲノム全体を等塩基長のPCR産物でカバーする大量一括プライマー設計です。

ゲノム全体をカバーする一定塩基長PCR産物を生成するプライマーセットを一括して設計します。

隣り合うPCR産物同士のオーバーラップ塩基長を指定できます。

一回の設計ではプライマーを設計できなかった塩基配列領域に対して、条件を緩めながら繰り返し設計を実行できます。

準備するもの、使用するソフトウェア

テンプレートとなるゲノム塩基配列ファイル（DDBJ, EMBL, GenBankおよびFASTAフォーマット）

実装 Edition:

GE, AE, DS, GT

操作

テンプレートゲノム塩基配列ファイルをメインフィーチャーマップにロードします。メニューからCloning -> PCR -> Whole Genome Covering Primer Design　ボタンをクリックします。

Whole Genome PCR Primer Design ダイアログが表示されます。

Amplify Length テキストフィールドに増幅されるプロダクトの塩基長を入力します。

Overlap Length テキストフィールドに隣り合うPCR産物同士の希望オーバーラップ塩基長を入力します。

プライマー設計の詳細なパラメータ設定を変更する場合には、「Show　Parameter]をクリックします。

Start Designボタンをクリックします。設計が開始されます。

設計中は進捗メッセージが表示されます。

設計が終了すると、Primer Design List ダイアログが表示されます。

Select 0 Count ボタンをクリックします。

Reverse Selected ボタンをクリックします。

右側ペインに設計できた領域のPrimer Setのリストが表示されます。

Select 0 Count ボタンをクリックします。

Primer Setが設計できなかった領域だけにチェックされます。

Iterate Designボタンをクリックして、設計できなかった領域に対する再設計を行います（このとき、Primingパラメータを若干変更してから再設計します)。

ゲノム上に設計できなかった領域がなくなるまで、繰り返します。