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IMC F05D6 環状ゲノムマップのCircular Content Laneを編集する

Circular Content Laneを編集します

Content Lane上にSliding Window方式で塩基組成などのゲノム位置特異的なプロファイルを描画します。

塩基組成のほかに利用者が作成した任意の数値列もインポートし、そのプロファイルを描画可能です。

操作

  1. Circular Lane SettingダイアログのView欄のContentラジオボタンをオンにします。
  2. Circular Content Lane設定項目がアクティブになります。
  3. Contentを選択します。
    • GC Content: GC Contentのプロファイルを描画します。
    • AT Content: AT Contentのプロファイルを描画します。
    • GC Skew: GC Skewのプロファイルを描画します。
    • AT Skew: AT Skewのプロファイルを描画します。
    • Cumulative GC Skew:累積GC Skewのプロファイルを描画します。
    • Cumulative AT Skew:累積AT Skewのプロファイルを描画します。
    • Fickett: Fickettの方法で遺伝子領域らしさのプロファイルを描画します。
    • Import Data: Import Dataには利用者が作成した任意のゲノム位置特異的な数値列をインポートし、そのプロファイルを描画します。
  4. Graph Scaleを設定します。
    • Auto:Autoを指定するとプロファイルの縦スケールを自動的に設定します。
  5. プロファイル値の最大値を上スケールライン、プロファイル値の最小値を下スケールライン、そして最大値と最小値の平均値をセンターラインとして描きます。
    • Custom:Customを指定するとスケールの各ラインを自由に設定できます。ただし、Lower Line < Center Line < Upper Lineとします。

Sliding Window Parameter設定

  • Fixed:Fixedを指定すると、スライディングウィンドウのウィンドウサイズとステップサイズをそのときのマップの縮尺にかかわらず一定の塩基長で設定します。
  • Proportional:Proportionalを指定すると、スライディングウィンドウのウィンドウサイズとステップサイズをそのゲノム塩基長に対する割合で設定します。

Color設定

  • Color for Lower Value below the Center Line:センターラインより上に描画されるプロファイルのカラーを設定します。
  • Color for Upper Value below the Center Line:センターラインより下に描画されるプロファイルのカラーを設定します。

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