コアゲノム解析
パンゲノムからコアゲノムを抽出します。
- 具体的には近縁種ゲノム集団から、共通遺伝子を抽出します。
- メインカレントゲノム配列上の遺伝子と参照ゲノム配列(複数指定可能)の遺伝子との間のBBH(Best Binary Hit)が一致する場合を共通遺伝子としています。
- 参照ゲノム配列間の共通遺伝子は同定していません。
- 解析結果をファイルに保存することが可能です。
- IMCを終了した後でも、次回IMCを利用時に、このファイルを再ロードし、コアゲノム解析を続行することができます。
集団が大きい場合は計算時間がかかります。その場合は、コア数の多い計算機で実行することを推奨します。
この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています
- IMCGEIMCAEIMCDSGenomeTraveler