表示

• 現在ロードされている配列ファイルをそのままの形式で閲覧できるビューアです。
• 配列や注釈をクリックすると、メインフィーチャーマップはその位置の地図を表示します。
• 逆に、このビューアを開いたまま、メインフィーチャーマップの一部をクリックすると、ファイルの対応する位置のテキストを表示できます。

• メインフィーチャーマップに現在表示されている領域の配列を表示するビューアです。
• ビューア上で表示範囲の変更、逆ストランドの表示・非表示、アミノ酸翻訳の表示・非表示、目盛りの表示方法の変更、1行の表示塩基数を表示できます。
• PDF, PNG, EMFのフォーマットでそれぞれ画像ファイルが出力できます。

ゲノムアノテーション 用に用意された ビューア・エディター です。

メインウィンドウ から独立したウィンドウです。

ビューア機能

• 主として CDS に注釈を付加するために使用します。
• ウィンドウは3部分に分かれ、注釈を入力・直接編集できる デスクリプションペイン 、相同性検索の結果を CDS フィーチャー自体にリンクさせそれらを表示し、転記できます。
• 配列表示領域には同時に既存を フィーチャー も選択的に表示できます。
• 配列、フィーチャー、目盛りの表示設定は変更できます。
• 表示内容は PDF,PNG,EMF 形式で画像ファイル出力可能です。
• このウィンドウからこの フィーチャー を クエリー とする 相同性検索 も実行でき、結果はただちにリンクされます。

多重リニアゲノムマップビューアは、複数の近縁種ゲノムの遺伝子などのFeatureをゲノム毎に並列に比較描画するビューアで、IMCメインウィンドウにドックインされています。

別名を、リニアゲノムマップビューア、参照ゲノムマップ、参照マップなどと呼んでいます。

ビューアの機能

IMCメインウィンドウからドックアウトし、独立したウィンドウとして、移動やリサイズが可能です。

メインフィーチャーマップと連動させることができます。

多重リニアゲノムマップ上の各CDSフィーチャーからロードされている他の近縁種ゲノムのCDSに対して、相同性検索を実行できます。

遺伝子クラスターアラインメントを実行し、オーソログ遺伝子の近傍のシンテニー保存の様子を可視化することができます。

対応するレファレンスディレクトリーを使用して、ゲノム表示順を変更できます。マップは印刷や画像ファイルとして出力することができます

環状ゲノムマップ（Circular Genome Map）は、同心円上に単一ゲノム染色体あるいは近縁種同士の複数のゲノム染色体からのFeatureやContentおよびゲノム位置特異的な任意の数値データを比較描画する機能です。

それぞれのゲノム染色体の遺伝子等各Featureの分布状態や、塩基組成の変化などを表示することができます。

配置するFeatureやContentの同心円の順序は任意に変更可能です。

描画パラメータの設定は同心円毎に変更可能です。

環状ゲノムマップの直径や印刷用パラメータの変更も可能です。

環状ゲノムマップの印刷直接印刷以外に、PDF, PNG, EMFの各フォーマットでファイル出力可能です。 

環状ゲノムマップの同心円上に描画される多数のフィーチャーは注釈が存在すれば、その注釈の種類により異なるカラーでそれぞれを分類表示することができます。 

• Circular Feature Lane別のFeature描画独立カラー設定が可能です。
• Feature Key別に異なるカラーで描画します。
• Color Qualifierが設定されている場合に指定カラーでCDS Featureを描画します。
• Classificationコードに指定されたカラーでCDS Featureを描画します。
• EC Nubmerに由来するカラーでCDS Featureを描画します。
• Categoryコードに指定されたカラーでCDS Featureを描画します。
• Blastのスコア範囲に指定されたカラーでCDS Featureを描画します。 

環状ゲノムマップに描画される配列ファイルは、メインカレントディレクトリーに表示されている順序で参照されます。このため、異なる多数の環状ゲノム配列を同一形式で描画することが容易に操作可能です。

環状ゲノムマップ上の一部をクリックすることにより、対応するメインフィーチャーマップの領域を表示させることが可能となっています。

環状ゲノムマップには、その中心に配列ファイル名と総塩基長（単一ゲノム染色体の時）が描画され、また周囲には塩基数目盛が表示されます。

目盛の開始位置塩基も変更可能です。 マップレイアウトは、レイアウトスタイルとして登録可能で、登録された環状ゲノムレイアウトスタイルは後で呼びだすことができます。

• 環状ゲノムマップエディターに類似していますが、比較的小さな環状ゲノムを描画します。
• 環状レーンは同心円状に配置され、１つの同心円上に複数のフィーチャーキーを配置できます。
• ストランド、フレーム別、フィーチャー形状、塗りと枠のカラー指定、枠の太さ、カラー分類法の選択、ラベルの表示・非表示、ラベルとして使用するQualifierの選択、フォントサイズ、２つの同心円のオーバーレイ機能、目盛り間隔を変更できます。
• 設計したスタイルは保存でき、他のプラスミドに適用できます。
• 同心円の順序変更や追加・削除、編集が可能です。
• プラスミドマップはPDF, PNG, EMFの3種の画像フォーマットでファイル出力可能です。

ABI, SCFのキャピラリーシーケンサからの出力ファイルを読み込んだ時に使用されるビューア・エディターです。

塩基配列だけでなく、トレース波形を表示します。

機能

• 複数のファイルを並行表示できます。
• ABI、SCFフォーマットファイルに対応しています。
• メインフィーチャーマップとは別の独立したウィンドウ上に表示されます。
• トレース波形ビューアウィンドウはリサイズできます。
• それぞれの波形の表示位置をドラッグして変更できます。
• トレース波形表示枠の高さを変更できます。
• 塩基別の表示カラーを変更できます。
• それぞれの波形は独立に横スクロールできます。
• それぞれのトレース波形の位置がアラインメントされている場合は、連動横スクロールできます。
• トレース波形の幅と高さをスライダーで自由に変更できます。
• 制限酵素認識部位の検索と、検索後の配列をハイライトできます。
• Trace Mapping　実行結果からも起動できます。

デスクリプションウィンドウは、フィーチャーのQualifierに値を入力・編集するためのウィンドウです。

フィーチャー上の右クリックで起動され、そのフィーチャーのQualifierをすべて編集することができます。

フィーチャーのPositionも変更できます。

フィーチャーが属するFeature Keyも変更可能です。

アミノ酸配列の二次構造などのプロファイルを並列表示するビューアです。個別のプロファイル表示の他に、トータルプロファイルの設計と表示、モティーフの表示などが可能です。

マルチプルアラインメントビューアは、塩基配列やアミノ酸配列のマルチプルアラインメントを表示するためのウィンドウです。

マルチプルアラインメントビューアは、相同性検索結果ダイアログなどから起動することができます。

ビューアの機能

• 分子系統樹を描画する、Phylogenetic Tree　描画ダイアログを起動できます。
• マルチプルアラインメントのシンプルエディターを起動できます。
• アライメント図を印刷できます。アライメントをクリップボードにコピーし、別のソフトウェアで利用できます。
• 1行の表示塩基数、残基数を変更できます。
• 塩基やアミノ酸の表示カラーを変更できます。
• マルチプルアラインメント生成には、CLUSTALWを使用しています。

分子系統樹ビューアは、遺伝子などの配列から分子系統樹を描画するツールです。

このビューアは、マルチプルアラインメントビューアから起動することができます。

ビューア機能

• 無根系統樹、有根系統樹を描画できます。
• DND形式ファイルをロードし、描画できます。
• 進化距離を表示できます。
• 印刷や画像ファイル出力が可能です。

アラインメントビューア（Alignment Viewer）は、GTの一次解析結果を表示し、二次解析などを実行するためのビューア・エディターです。

Alignment Viewerは、GTのメインウィンドウから起動することができます。

Alignment Viewerは、メニューバー、ツールボックス、および４つのペインから構成されています。

メニューバーはViewerウィンドウに固定されていますが、ツールボックスおよび４つのペインはウィンドウから取り外して、デスクトップ上の任意の位置に表示することができます。

ツールボックスは、非表示にもできます。

4種のペインは、上から、Navigation Pane, Feature Pane, Consensus Pane およびFragment Pane と呼んでいます。

Navigation Pane は、他の3つのペインのナビゲーションを行うための特殊なペインでゲノム全体にわたるスケールと選択された領域内のスケールの2段階のスケールを持っています。

Feature Pane は、IMCのメインフィーチャーマップに類似の機能をもち、IMCの多くの機能を実行することができます。

Consensus Pane は、Assembly 結果をコンティグとそれを構成するReadの配列アラインメントとして表示する機能や、Mapping 結果を参照ゲノム配列とReadの配列アラインメントとして表示する機能です。

Fragment Pane は、Consensus　Paneをグラフィカルに表示する機能で、より俯瞰的にアセンブリやマッピングの様子を閲覧できます。

制限酵素地図を描画するためのウィンドウです。

メインフィーチャーマップと同様のフィーチャーマップも描画します。

ズーム、横スクロール、ゲル電気泳動図の表示が可能です。ズーム、横スクロール、ゲル電気泳動図の表示が可能です。