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このタブペインでは、PCR Primerの設計用パラメータ設定を変更できます。

プライマー設計を起動する機能により、追加のパラメータ設定があります。それらについては、起動する機能ページで説明されています。

PCR Primer Design セクション

Primer Search Range (Extra Upstream  Bases テキストフィールド： Priming Site 探索範囲を指定します。選択領域の上流に探索する範囲を塩基数で指定します。正の整数を入力します。

Primer Search Range (Extra Downstream  Bases テキストフィールド：Priming Site 探索範囲を指定します。選択領域の下流に探索する範囲を塩基数で指定します。正の整数を入力します。

Primer Size Min. テキストフィールド：プライマー塩基長の最小値を入力します。正の整数を入力します。

Primer Size Max. テキストフィールド：プライマー塩基長の最大値を入力します。正の整数を入力します。

Primer Tm Min.　テキストフィールド：プライマーTmの最小値を入力します。正の実数を入力します。

Primer Tm Max.　テキストフィールド：プライマーTmの最大値を入力します。正の実数を入力します。

Primer GC Content Min.　テキストフィールド：プライマーGC含量の最小値を入力します。正の実数を入力します。

Primer GC Content Max.テキストフィールド：プライマーGC含量の最大値を入力します。正の実数を入力します。

Annealing Oligo Concentration (nM)　テキストフィールド：アニーリングオリゴ濃度を入力します。正の実数を入力します。通常、設定を変更する必要はありません。

Salt Concentration (mM)　テキストフィールド：塩濃度を入力します。正の実数を入力します。通常、設定を変更する必要はありません。

3’ Terminated with G or C　チェックボックス：チェックすると、プライマーの3’末端塩基をGあるいはCに限定します。

Max 3’ Stability　テキストフィールド：　候補プライマーの3’末端5塩基の最大安定性を入力します。正の実数を入力します。

Max Self Complementarity　テキストフィールド：　候補プライマー配列の中で指定塩基数以上の自己相補配列を有するものを除外します。

Max 3’ Self Complementarity　テキストフィールド：　候補プライマー配列の中で指定塩基数以上の3’末端に自己相補配列を有するものを除外します。

Max #N’s　テキストフィールド：　Priming Siteに許容されるN塩基数を入力します。ゼロまたは正の整数を入力します。

Max Sequence Repeats　テキストフィールド：　最大同一塩基の繰り返し数を指定します。正の整数を入力します。

Max Tm Difference between Primers　テキストフィールド：　両プライマーのTmの最大差異を指定します。正の実数値を入力します。

Cutoff Expectation Value　テキストフィールド：候補Priming Site以外に相同性を示す部位がもつe-valueの最大値を指定します。最大値以上の場合は候補から除外します。

Cutoff Percent Identity　テキストフィールド：候補Priming Site以外に相同性を示す部位がもつ

Percent Identityの最大値を指定します。最大値以上の場合は候補から除外します。

Cutoff Overlap Length　テキストフィールド：候補Priming Site以外に相同性を示す部位がもつOverlap Lengthの最大値を指定します。最大値以上の場合は候補から除外します。

Sort セクション：設計されたPCR　Primerセットリストの表示順を設定します

Sort Type

Score S　トグルラジオボタン：この式を使用します。

Score P　トグルラジオボタン：この式を使用します。

Tm Coefficient　テキストフィールド：スコアの計算式に代入するTmの係数を入力します。

Product Coefficient　テキストフィールド：スコアの計算式に代入するProductの係数を入力します。

The Area that Overlaps with Feature is excluded from the Primer Candidates　セクション

全フィーチャーキーのリストが表示されています。それぞれ選択用のチェックボックスがあります。チェックされたフィーチャーキーがある位置にPriming SiteをもつPrimerは除外されます。

Select Allボタン：クリックするとリストの全行がチェックされる。

Reverse Selectedボタン：クリックすると現在選択されている行がチェック解除、選択されていない行が選択される。

Feature Setting 共通操作ボタンについてはこちらをご覧ください。