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IMC: タイリングアレイプローブ自動設計機能 14 年 6 ヶ月 前 #197

タイリングアレイプローブの自動設計機能がIMC Version 4.2.11から追加されました。

タイリングアレイプローブを自動設計します。
プローブ塩基長を指定できます。各プローブの先頭塩基同士の距離(塩基数)を指定できます。
プローブを設計するストランドを指定できます(Forward Strand, Reverse Strand, Both)。
指定した注釈(フィーチャーキー)を避けて、プローブを設計できます。
プローブが設計された位置に何らかの注釈がある場合、その内容を取り込むことが可能です。
プローブ名に任意のプレフィックスおよび連番を指定可能です。
現在、3種のフォーマットで出力可能です。
今後は、生成可能なフォーマットを拡充します。

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Agilent Completeフォーマットにおける設定項目の転記方法を変更しました。 14 年 5 ヶ月 前 #260

GeneSymbolsには、それにOverlapするCDS/rRNA/tRNAフィーチャーの/gene=をセットします。/gene=が存在しない場合には、"NA/NA"がセットされます。
Descriptionには、それにOverlapするCDS/rNRA/tRNAフィーチャーの/functionをセットします。/functionがない場合は、/productがセットされます。

IMC Developer

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