- New Project Nodeを作成（あるいは、既存のProject Nodeに追加）します。
- 作成したProject Nodeの上でマウス右クリックし、New Reference Nodeを選択します。
- Project Node の子ノードとして、Reference Nodeが作成されます。
- 作成したReference Node上で、マウス右クリックし、Load Reference Sequenceを選択します
- Load Reference Sequenceダイアログが表示されます。
- アノテーションされたGenbank（EMBL,DDBJ)ファイルを指定し、Runをクリックします。
- GenbankファイルがLoadされ、TREE上にそのDefinition Lineが表示され、その下にreference.gbk という子ノードが作成されます。
- Project Nodeの上でマウス右クリックし、New Analysis Node > Fragment Mapping or Paired End Mappingを選択します。
- ここでは、Fragment Mapping を選択します。
- どちらかのMapping ダイアログが表示されます。
- Input1にFastQを指定、Input2で先ほどLoad したReferenceSequenceを指定します。
- Parameter Settingをクリックします。
- Parameter Setting ダイアログが表示されます。
- Mapping Optionで、Use Trimming にて1,1000000くらいを設定し、
- Setをクリックします。
- Parameter Setting ダイアログが閉じます。
- Runをクリック。
- マッピングが開始され、プログレスメッセージが表示され続けます。
- 終了すると、Mapping Nodeが作成されます。子ノードとしてxxx.mapping_all.bamが作成されます。
- 子ノードXXX.mapping_all.bam の上でマウス右クリックし、Show Read Alignmentを選択します。
- AlignmentViewerが表示されます。
- MenuからGTー＞Feature Expression Listを選択します。
- 実行中はプログレスメッセージが表示されます。
- 実行が終わると、Feature Expression Listが表示されます。
- これはCDS毎にいくつのFastQ Readが落ちたかを示します。
- Referenceにgene name などのアノテーションが付いている場合には、右端にすべてのQualifierが表示されます（プロダウンリスト）。CDSの検索もできます。
- CDS以外のFeature Keyもリストされます。
