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Blast検索結果ダイアログ上の項目と操作方法について説明します。

ヒットしたSubjectのリストが1行ずつ表示されます。

表示項目

• 選択用チェックボックス
• Subject：ヒットしたデータベース上の配列の名前（配列名＋フィーチャーキー＋配列位置）
• Identigy：クエリー配列とデータベース上のヒット配列の配列一致度（Percent Identity)
• Alignment Length：アラインメント塩基長あるいはアミノ酸残基長
• Mismatches: 一致しない塩基数あるいはアミノ酸残基数
• Gap openings：ギャップ数
• Query start：クエリー配列上のアラインメント開始位置
• Query end：クエリー配列におけるアラインメント終了位置
• Subject start：ヒット配列におけるアラインメント開始位置（ゲノム上の絶対位置）
• Subject end：ヒット配列におけるアラインメント終了位置（ゲノム上の絶対位置）
• E-value：出現期待値
• Bit score：検索に使用された置換マトリックスの行列の値により決定される相同性スコア
• Sequence：使用されたクエリー配列
• Alignment：アラインメントの状況をグラフィカルに表示したもの。上下に並列にクエリー配列を表す線分とヒット配列を表す線分で示される。赤で表示されるっ領域が相同性のある領域を示し、黒で表示される領域が相同性のない領域を示す。
• Alignment：アライメントダイアログへのボタン、クリックするとアラインメントダイアログが表示される。

操作方法

検索結果リストとフィーチャーマップの連動

• ヒットリストの各行をクリックするとヒットした配列の位置が表示されます。
• 参照フィーチャーマップを検索データベースとした場合は、参照フィーチャーマップが移動して、ヒットした配列が中央に表示されるように参照フィーチャーマップがシフトします。
• メインフィーチャーマップを検索データベースとした場合は、メインフィーチャーマップ上のヒット配列が中央に表示されるようにメインフィーチャーマップが自動的にシフトします。

Alignmentウィンドウの表示

• ヒットリストの各行のAligmentをクリックすると、Alignmentウィンドウが表示されます。

• アラインメントウィンドウでは、クエリー配列とヒット配列とのペアワイズアラインメントが表示されます。
• Alignement ダイアログでは、Copy to Clipboardをクリックするとクリックボードにアラインメントがコピーされます。
• CloseをクリックするとAlignementダイアログが閉じます。
• 相同領域を新規フィーチャーとしてカレントゲノム配列上に登録
• フィーチャーとして登録したいヒットエントリーにチェックします（複数指定可能）。
• 「Insert New Feature」をクリックします。