ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

準備操作

1. Metabolomeデータ初期化: メニューのMETABOLOME　＞　Intialize Metabolome Data　を実行します。
2. ゲノムスケールモデルの読み込みあるいはカレントゲノムスケールモデルの選択

描画操作

ゲノムスケールモデルの内容をパスウェイとして描画する2つの方法があります。

1. ステップバイステップ伸長法：
   • Reactionのリストから1個のReactionを選択し、それから１ステップずつパスウェイを伸長させていく方法。
2. グループメンバーReaction一括描画法:
   1. Reactionリストに現在表示されている全Reactionのパスウェイを描画する方法です。
   2. 描画対象のReaction数は100個以内を推奨します。

• ２の一括描画法では、ゲノムスケールモデルの全Reactionを描画するとエッジが密集し、可視性がなくなるため、予め、Group(SubPathway:SubSystem)に登録された一部のReactionを使用して描画することを推奨します。

Reactionの結合に使用されないMetabolite

• Metaboliteのうち、CO2, H2O, H+, 金属イオンなどは共通Metaboliteから除外していますので、これらのMetabolite を介してのReactionの結合はありません。