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Velvet アセンブラーの出力ファイルAFGフォーマットファイルを、BAMフォーマットファイルに変換します。

２つの方法があります。

１つは、GTのTREEペインのAnalysisノードにロードされているAFGファイルがある場合は、そのノードから直接変換を実行できます。

もう1つは、GTのToolsメニューから実行します。

ここでは、前者のAnalysis ノードから変換を実行する方法を説明します。

実装エディション

GenomeTraveler

操作

1. トレーニングデータを使用して説明します。
2. VelvetアセンブリのAnalysisノードをダブルクリックします。
3. afg ファイルノードが表示されます。
4. 
5. afg ファイルノード上でマウス右クリックします。
6. メニューが表示されます。
7. 
8. 「Convert Afg to Bam」を選択します。
9. 確認メッセージが表示されます。
10. 
11. 「はい（Y)」をクリックします。
12. 変換が実行されます。
13. 実行中は進捗メッセージが表示されます。
14. 
15. 実行が完了すると、完了メッセージが表示されます。
16. 
17. 「OK」をクリックします。
18. 完了メッセージが閉じます。
19. ノードファイルがBAMに変換されています。
20. 
21. BAMファイルノード上でマウス右クリックします。
22. メニューが表示されます。
23. 
24. Alignment Viewerの起動「Show Read Alignment」や、BAM情報の表示「Show BAM Information」が可能です。