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IMC i04A セルフライゲーション

1つの塩基配列の末端同士を ライゲーション します。

これを セルフライゲーション と呼びます。

IMC で セルフライゲーション を実行すると、その塩基配列の属性が Linear から Circular に変更されます。

このため、その フィーチャーマップ を表示すると、それまでは末端までしかスクロールできなかったものが、同一方向に 無限スクロール できるようになります。

これを元の 線状DNA に戻すには、同じ位置で切断する必要があります。

両端が同じ 制限酵素 で切断されていた場合は、その制限酵素で 消化切断 すれば元の 線状DNA に戻ります。

操作

  1. メインフィーチャーマップ に セルフライゲーション する 塩基配列ファイル をロードします。
  2. メニューから Cloning -> Simple Ligation を選択します。
  3. Ligation ダイアログ が表示されます。
  4. リストには、メインカレントディレクトリー にロードされている全配列が表示されています。
  5. Self Ligation チェックボックス にチェックします。
  6. 2nd ラジオボタンがInactiveになります。
  7. セルフライゲーション を行う配列の 1stラジオボタン をオンにします。
  8. 「Ligation」をクリックします。
  9. 確認メッセージ が表示されます。
  10. 「はい(Y)」をクリックします。
  11. ライゲーションが実行され、
  12. 完了メッセージ が表示されます。
  13. OKをクリックします。
  14. Ligation ダイアログ の対象配列の DNA形状 がマークになります。
  15. Close」をクリックします。
  16. Ligation ダイアログが閉じます。
  17. メインカレントディレクトリー の対応する配列の DNA形状 もマークとなっています。
  18. その配列を カレント配列 とします。
  19. 右側の メインフィーチャーマップ に セルフライゲーション した配列のマップが表示されます。
  20. 両方向にスクロールすると、無限スクロール でき、ライゲーションされた塩基位置を中央に表示することも可能となります。

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