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• アミノ酸配列を参照ゲノム塩基配列上にマッピングし、新規フィーチャーとして登録します
• 指定したアミノ酸配列（複数可能）を、現在フィーチャーマップとして表示されている参照ゲノム上にマッピングし、ヒットしたエントリーを新規フィーチャー（mRNAなど）として登録します。
• マッピングには、tBlastNのアルゴリズムが使用されます。

アミノ酸配列マッピングの操作方法

1. 参照ゲノムの塩基配列を読込み、フィーチャーマップ上に表示します。
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3. メニューからGenome Analysis -> Mapping -> A.A. Sequence Mapping をクリックします。
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5. A.A.Sequence Mapping実行ダイアログが表示されます。
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7. A.A.Sequence File(s) のRef… をクリックして、マッピングするアミノ酸配列を指定します。
8. ここで、指定できるアミノ酸配列は、FastAフォーマット、GenPeptフォーマットなどです。gzで圧縮されたファイルも指定可能です。
9. アミノ酸配列選択するダイアログが表示されます。
10. アミノ酸配列ファイルを指定します。
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12. Runボタンをクリックします。
13. 確認メッセージが表示されます。
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15. パラメータを変更する場合は、Parameterボタンをクリックします。
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17. このパラメータはNCBI Blastのパラメータ設定に基づいています。
18. 通常はデフォールトのパラメータ設定を使用します。
19. 「はい（Y）」ボタンをクリックすると、マッピングの実行が開始されます。
20. 実行時間は、アミノ酸配列の個数や配列長、参照ゲノム塩基配列の塩基長に比例します。
21. 実行中は、処理進捗状況を占めるメッセージが表示されます。
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23. マッピング処理が終了すると、結果リストダイアログが表示されます。
    
    
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25. 各行のAlignmentをクリックすると、ペアワイズアラインメントダイアログが表示されます。
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27. 結果リストダイアログを使って、新規フィーチャーを登録します。
28. マッピング結果は、3タイプに分類されます。
    • 入力アミノ酸が、完全に参照ゲノム塩基配列にマッチした場合
    • 入力アミノ酸が、不完全に参照ゲノム塩基配列にマッチした場合
    • 入力アミノ酸配列が、まったくマッチしない場合
29. 前者2タイプの結果は、参照ゲノム上に新規フィーチャーとして登録することができます。たとえば、完全マッチ配列を、mRNAフィーチャーとして登録し、不完全マッチ配列は、miscRNAフィーチャーとして登録することができます。CDSなど別のフィーチャーキーを指定することも可能です。
30. Insert Featureをクリックします。
31. 確認メッセージが表示されます。
32. 
33. 「はい（Y)」をクリックします。
34. Feature Settingダイアログが表示されます。
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36. 新規登録されるフィーチャーの任意のQualifierに同一のValueを設定できます。また、Qualifier /locus_idに指定した接頭文字と、任意の桁数をもち、任意の数値から開始される連番を登録することができます。
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38. イントロンをもつ真核生物の場合は、エクソン・イントロン領域を識別してフィーチャー登録されます。
39. イントロンの最大塩基長を制限できます。
40. Run をクリックします。
41. Feature登録が完了すると完了メッセージが表示されます。
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43. OKをクリックします。
44. メインフィーチャーマップに登録されたフィーチャーが表示されます。
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