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IMC O13A 変異点解析の実行と操作

近縁種ゲノム間の1塩基変異を検出し、全変異のリストを生成します。また、そのリストからレファレンスフィーチャーマップの変異箇所および対応するメインフィーチャーマップの塩基位置を表示することができます。

準備

カレントメインフィーチャーマップに基準株ゲノムをロードします。

カレントレファレンスフィーチャーマップに比較する複数の近縁種ゲノムをロードします。

 

操作

メニューから Genome Analysis -> Compare -> Mutation Search を選択します。 

Mutation Search Setting ダイアログが表示されます。

カレントレファレンスフィーチャーマップにロードされている全ゲノムがリストされています。

変異を抽出するゲノム(複数指定可能)にチェックします。

「Run」をクリックします。

確認メッセージ「Start Mutation Search?」が表示されます。

実行パラメータを変更する場合には、Show Parameterボタンをクリックします。

「はい(Y)」をクリックします。

実行が開始され、実行中は進捗メッセージが表示されます。

実行が終了すると、検出された変異のリストダイアログが表示されます。

このリストは、各行に検出された変異点が表示されています。変異点はゲノム別の塩基位置とそのベースコールが表示されます。

1つの行(変異点)をクリックすると、メインフィーチャーマップおよびレファレンスフィーチャーマップが自動的にシフトし、その変異箇所がマップの中心となって表示されます。

メインフィーチャーマップのシーケンスレーン上には変異対応塩基がハイライトされます。

一方、レファレンスフィーチャーマップには、変異箇所にその変異塩基が表示されます。

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