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IMC E04T01 アミノ酸配列ファイルからローカルBlast検索用データベースを作成

作成日:2018年09月23日 | 最終更新日:2018年09月23日 | 公開日:2018年09月23日 | 印刷 | 参照数: 2657

アミノ酸配列ファイルからローカルのPCやMac上でBlast検索を実行するための網の配列データベースを作成してみます。
例として、COGアミノ酸データファイルをBlast検索できるようにBlastデータベース化します。
COGアミノ酸データファイルは、IMCのインストール時にコピーされ、以下に保存されています。
Windowsでは、c:\Program Files (x86)\isb\imc\dataにあるmyvaとして格納されています。
予めこのファイルを一時的な格納場所にコピーしておきます。たとえば、ユーザ\Workなどの一時ディレクトリを作成してそこにコピーします。
操作方法IMCを起動して、メニューからFile -> Create Blast DB…を選択します。
「Blast DB List」ダイアログが表示されます。
「Add Amino Acid DB…」をクリックします。
「Blast DB Setting」ダイアログが表示されます。
Amino Acid File(S):欄の右側にある「Ref…」をクリックして、予めコピーしておいたCOGファイルmyvaを選択します。
DB Name: 入力フィールドに直接任意のデータベース名を入力します。たとえば、「COG」と入力します。
今回はローカルにデータベースを作成するため、現在使用中のPCまたはMacの書き込み可能なディレクトリをしています。
デフォールトでは以下のディレクトリに生成されます。今回はローカルにデータベースを作成するため、現在使用中のPCまたはMacの書き込み可能なディレクトリをしています。
デフォールトでは以下のディレクトリに生成されます。
C:\Users\user\imc_xx\data\db
「Run」をクリックします。
「Create Amino Acid DB?」という確認メッセージが表示されます。
「はい（Y)」をクリックします。「はい（Y)」をクリックします。
データベース生成の実行が開始され、実行中は進捗メッセージが表示されます。
生成が完了すると「Completed」メッセージが表示されます。
「OK」をクリックすると「Completed」メッセージが閉じて、Blast DB Listに生成されたデータベースが表示されます。
これでローカルBlast検索用のデータベースが生成されました。