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IMC E04T02 ゲノム配列をロードすると自動的にBlastデータベースが生成

作成日:2018年09月23日 | 最終更新日:2018年09月23日 | 公開日:2018年09月23日 | 印刷 | 参照数: 2742

カレントレファレンスディレクトリに塩基配列ファイルをロードすると自動的にBlast検索用塩基配列データベースが生成されます。
ロードされる配列がゲノム配列ファイルでCDSが同定され、各CDSに対してアミノ酸翻訳がある場合にはアミノ酸配列検索用データベースも同時に生成されます。
IMCGE、AE,DSでは、同時に複数のゲノム配列をカレントレファレンスディレクトリにロードできるため、Blast検索用データベースも同時に複数生成されます。
Blast検索用データベースが生成されるタイミングは、新規の塩基配列ファイルがカレントレファレンスディレクトリにロードされた時点、およびカレントレファレンスディレクトリが変更された時点です。
それまでカレントであった配列のデータベースは自動的に削除されます。
カレントレファレンスディレクトリーに塩基配列ファイルをロードして、その塩基配列データベースおよびアミノ酸配列データベースを自動生成します。
カレントディレクトリではないレファレンスディレクトリーをカレントレファレンスディレクトリーにします。
そのディレクトリー上で右クリックします。メニューが表示されます。
メニューから「Change Current Directory」を選択します。
「Change Current Directory?」という確認メッセージが表示されます。
「はい（Y)」をクリックします。「はい（Y)」をクリックします。
ディレクトリー変更が実行され、完了するとそのディレクトリーに緑色のCのアイコンが表示されます。
ゲノム塩基配列をカレントレファレンスディレクトリーにロードします。
メニューからFile -> Load Sequences to MGVをクリックします。
ファイル選択ダイアログが表示されます。
サンプル配列データを使用する場合は、マイドキュメント>imc_xx>seq>Bacillus subtilisからNC_000964.gbkを選択します。
上記のゲノム塩基配列ファイルがカレントレファレンスディレクトリにロードされます。
メニューからFile->Create Blast DB…をクリックします。
「Blast DB List」ダイアログが表示されます。
そのうち2行がNC_000964.gbkとなっており、TypeがNA-REFとAA-REFと表示されています。
これはロードされたゲノム配列から2種類のBlast検索用データベースが生成され、塩基配列データベースととアミノ酸配列データベースとして自動登録されていることを示しています。