ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

概要

• Homology Paneにおいては、CDS Featureをクエリーとして相動性検索が実行されている場合は、そのCDSフィーチャー上でマウス右クリックによるAnnotation Window起動を行うことにより、相同性検索結果を閲覧・転記することができます。

注意

• メインメニューあるいはフィーチャーマップ上の選択領域上でのマウス右クリックによるAnnotation Windowの起動の場合は、Homology Paneは表示されません。

Pane上の表示項目説明

• 絞り込み（Screen）操作領域：相同性検索結果を絞り込むための機能領域です。
  • 相同性検索結果リストタブパネル：相同性検索結果のヒットサブジェクトを表示済ます。1行に1個のヒットが表示されます。
  • Qualifierリストパネル：ヒットサブジェクトに記述されているQualifierの値をリスト表示します。ここで選択（チェック）したQualifierはQuery　Featureに転記されます。
  • ツールボックス：操作ボタンツールが配置されています。

相同性検索結果の絞り込み機能

• 相同性検索結果リストを以下の4つの項目で絞りこむことができます。
  • 検索データベース名（Homology Site) Identity範囲：
  • Identityの範囲を２つの入力フィールドに指定します。片側だけの指定も可能です。
  • E-value範囲：E-valueの範囲を２つの入力フィールドに指定します。片側だけの指定も可能です。
  • Bit Score範囲:Bit Scoreの範囲を２つの入力フィールドに指定します。片側だけの指定も可能です。

相同性検索結果リストタブパネルの操作

• Homology Searchボタンをクリックすると、Blast検索利用可能なデータベースのうち、まだ相同性解析が実行されていないデータベースに対して、追加で相同性解析を実行できます。
• 実行結果はこのパネルのリストに追加されます。
• Subjectの1行をクリックすると、それがReference Map上にある場合は、対応するゲノムマップがサブジェクトをマップの中央とするように移動し、かつそのFeatureが反転表示されます。
• チェックした行をCSVやFastA形式のファイルとして出力できます。
  • CSV…ボタンをクリックすると、現在チェックされているサブジェクトがCSV形式でファイル保存されます。
  • FastA…ボタンをクリックすると、現在チェックされているサブジェクトがFastA 形式でファイル保存されます。
  • Select Allボタンをクリックすると、全サブジェクトにチェックされます。
  • Reverse Selectedボタンをクリックすると、現在のチェック状態と反対の状態となります。すなわち、チェックされていたサブジェクトがチェックを外され、チェックされていなかったサブジェクトがチェックされます。

Qualifier of Subjectタブパネルの操作

• ここで表示されるQualifierは、クエリーフィーチャーと相同性があった領域にそれらの塩基範囲がオーバーラップするQualifierです。
• メインフィーチャーマップ上の現在編集中のクエリーフィーチャーにチェックしたQualifierを転記します。
• Qualifierへのチェックは手動で行います。
• 転記が必要なQualifierすべてにチェックした後、Copy Qualifierボタンをクリックすると転記が実行されます。