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ゲノム配列 上に存在する指定 フィーチャー をすべて増幅する プライマーセット を一括して設計します。

• リピート部位 など指定したフィーチャーが存在する箇所を避けて設計することができます。
• ゲノム全体の他に、ゲノム上の設計範囲を指定可能です。
• 設計に使用するフィーチャーの範囲情報は、Feature Key 検索結果ファイルを使用します。

設計条件として以下を選択できます。

• 指定された塩基範囲を含み、外側に設計されるプライマーセット
• 指定された塩基範囲の内部に設計されるプライマーセット

直前の設計条件では設計できなかった塩基配列領域に対して、条件を緩めながら繰り返し設計を実行できます。

操作

1. テンプレートゲノム塩基配列 を カレントメインディレクトリ にロードします。
2. 
3. Menu --> Search --> FK Search...を選択します。
4. 
5. Feature Key Search ダイアログ が表示されます。
6. 
7. 増幅対象範囲を指定するための フィーチャーキー にチェックして指定します。
8. 
9. 複数指定可能ですが、1種だけを選択ことが望ましいです。
10. ゲノムのある範囲にあるフィーチャーだけを対象とする場合には、From To に対象とするフィーチャーが存在する範囲を指定します。
11. デフォールト では 全ゲノム範囲 が指定されています。
12. 
13. 範囲を変更した場合は Change をクリックします。
14. Feature Key Search ダイアログ の上部に Partial Selection という表示がなされ、部分選択中であることが示されます。
15. 同時に メインフィーチャーマップ の フィーチャーレーン も対応する領域が選択領域として表示されます。
16. 
17. Run をクリックします
18. Feature Key Search Result ウィンドウ が表示されます。
19. 
20. 対象とするフィーチャーにチェックします。
21. ウィンドウの右側ペインに個々のフィーチャーのリストが表示されます。
22. 
23. Select All をクリックします。
24. 全部のフィーチャーが選択されます。
25. Feature Key Search Result ウィンドウ の詳しい操作方法については、Feature Key Search を参照ください。
26. 選択後に CSV をクリックします。
27. ファイル保存ダイアログ が表示されます。
28. 任意の名称で CSVファイル を保存します。
29. Feature Key Search ウィンドウ をクローズします。
30. これで準備が終わります。
31. Menu --> Cloning --> PCR —> Batch Primer Design を選択します。
32. 
33. Batch PCR Primer Design ダイアログ が表示されます。
34. 
35. Ref...をクリックして Feature Key Search で作成したCSVファイルを指定します。
36. 
37. Show Parameter をクリックします。
38. ここでは 大量一括設計 に重要な パラメータ設定 だけを説明します。Parameter設定 が表示されます。
39. 
40. 外側に設計する場合は Outside ラジオボタン をクリックします。
41. 外側に設計する場合は、各フィーチャーの外側にある一番近い塩基を１として上流側に塩基数を数え、その設計可能範囲を指定します。
42. たとえば、Forward Primer をフィーチャーの上流200塩基位置から101塩基位置までの範囲で設計したい場合は、Primer Design Range (Extra Upstream Bases)を200と101に設定します。
43. Reverse Primerも同様に Primer Design Range (Extra Downstream Bases)を101と200に設定します。
44. 内側に設計する場合はInsideラジオボタンをクリックします。
45. 内側に設計する場合は、最小増幅塩基長(Min. Amplify Length)を設定します。
46. Hide Parameter をクリックします。
47. Parameter 記述部分が閉じます。
48. Start Design をクリックします。
49. ゲノム全体を対象とした場合は処理時間がかかります。
50. 設計処理実行中は進捗メッセージが表示されます。
51. 
52. 実行が終了するとPrimer Design List ダイアログ が表示されます。
53. 
54. 左パネル上に各フィーチャーの位置毎に設計された プライマーペア の数が表示されます。
55. カウントがとなっている位置については与えられた設計条件ではプライマーセットを設計できなかったことを意味します。
56. 左パネルの設計位置（フィーチャー位置）のうち、カウントがでない行にチェックします。
57. 選択された行（フィーチャー位置に対応）に設計されたプライマーペアのリストがカウント数だけ表示されます
58. 
59. 右下にある Select the Best Primer Pair をクリックします。
60. 最適プライマーペア にチェックされます。
61. 
62. 左パネルで複数行にチェックされている場合は、チェックされた行ごとに 最適プライマーペア が選択されます。
63. 
64. Save as a (New) Primerをクリックします。
65. チェックされた プライマーペア が マイプライマーセット に登録されます。CSV..をクリックします。
66. チェックされたプライマーペアがCSV形式ファイルとして出力されます。
67. Insert New Feature をクリックします。
68. チェックされたプライマーペアの プライミングサイト が新規フィーチャーPrimer として カレントフィーチャーマップ に登録されます。