ORF抽出 および アミノ酸翻訳 された CDSフィーチャー が登録されている ゲノム塩基配列 に対して 一括(バッチ)相同性検索 を実行し、ヒットしたデータベース の エントリー情報 を自動的にその CDSフィーチャー の Qualifier として登録することができます。
この機能は、以下の エディション に実装されています。
IMCGE, IMCPE
操作
アミノ酸翻訳 されている CDSフィーチャー が登録されている ゲノム塩基配列 を メインカレントディレクトリ― にロードします。
アノテーション するゲノムの 近縁種ゲノム塩基配列 ですでに アノテーション されている GenBank あるいは EMBL 形式のファイルを カレントレファレンスマップ にロードします。
複数の ゲノム塩基配列 をロードすることができます。
すでに アノテーション された 近縁種ゲノム がない場合はこちらを参照ください。
自動転記機能 をオンにします。操作方法は、こちらをご覧ください。
メニューから Genome Analysis -> Homology Search -> Homology Search for Selected Feature Keyをクリックします。
「Batch Homology Setting」ダイアログが表示されます。
「Log File Save Directory」 にチェックし、書き込み可能なディレクトリを指定します。
Databaseリスト には、カレントレファレンスディレクトリ にロードされている各配列について、塩基配列 と アミノ酸配列 の Blast検索用データベース が自動的に生成されています。
各 近縁種ゲノム の アミノ酸配列データベース (AA-REF)にチェックします。
「Run」をクリックします。
確認メッセージ「Start Homology Search?」が表示されます。
「はい(Y)」をクリックします。
ホモロジー検索 の実行が開始され、実行中は 進捗メッセージ が表示されます。
実行が終了すると、「Homology Search」結果表示ダイアログ が表示されます。
自動転記(Auto Copy)が設定されている場合は、トップヒット の エントリー情報 が各 CDSフィーチャー に自動的に転記され、注釈として付加されます。
ひとつの CDS 上にマウスを移動すると、Tooltip が表示され、アノテーション された内容が表示されます。
カレントゲノム配列 を上書き保存します。
これをせずにIMCを終了すると、転記情報 は破棄されます。