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機能

CDSが同定されているゲノム塩基配列に対して、オーソログデータベースであるCOGとの相同性検索を実行し、COGの機能分類コードを自動転記します。結果として、各CDSをフィーチャーマップ上にカラー分類表示することができます。

実装Version

• IMC 4.2.13以降
• IMC 

準備するもの

• COGデータベース myva
• サンプルゲノム配列 Bsub50kb.gbk
• 任意のゲノム配列で実行可能ですが、COGデータベースは酵母以外の原核生物種を含まないため、真核生物ゲノム配列は適当ではありません。
• サンプル配列は、枯草菌の一部領域のとりだしたものですが、全ゲノムで実行すると処理時間がかかる場合があります。

操作

1. COGデータベースをダウンロードします。
   • NCBIからあるいは弊社ダウンロードサイトからダウンロードできます。
2. COGデータベースを登録します。
   • バッチホモロジー検索用DB登録機能を使用します。
3. Menuの"File" -> "Create Blast DB"を選択します。あるいは、ツールボックスのCreate Blast DBをクリックします。
   • "Create Blast DB" 機能の詳細情報
4. サンプルゲノム配列を読み込みます。
   • サンプルゲノム配列はIMCインストール時に"ユーザ/Documents/sample"フォルダーに生成されます。
   • あるいは弊社ダウンロードサイトからダウンロードできます。
5. ミノ酸翻訳を実行し、各CDSにアミノ酸配列を登録します。
   • 各CDSにアミノ酸配列が登録されていないと検索は" No Hit"となります。
   • 各CDSにすでにアミノ酸配列が登録されている場合は、この処理は不要です。
   • CDSのアミノ酸翻訳機能の詳細情報
6. バッチホモロジー検索を実行します。
   • ゲノム上の全CDSを対象とする場合は、Menuの"Genome Analysis" -> "Batch Homology Search"を選択あるいは、ツールボックスのBat Homology Searchボタンをクリックします。
   • ゲノム上のある指定領域にある全CDSを対象とする場合は、マウスでその領域をドラッグし、領域を指定します。その選択領域の上でマウス右クリックし、表示されるポップアップメニューから"Homology Search by Selected Feature"を選択します。
7. 表示されるBatch Homology Searchダイアログで、COGデータベースを選択し、Setボタンをクリックすると、実行が開始されます。
   • Batch Homology Search機能の詳細情報
8. Classification Codeでカラー分類表示します。
9. 実行が終了したら、MenuのView -> Show with Classification Colorを選択します。
   • するとこのページトップのようなCOG分類カラーで各CDSが分類表示されます。
   • フィーチャーマップ上の各フィーチャーをカラー表示する機能の詳細情報