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IMC B2K1 フレームレーンからのCDS候補手動登録

  • フレームレーンのストップコドン不在領域からCDSの候補を新規フィーチャーとして登録できます。
  • これは、エクソン予測機能ではありません(GT-AG則を無視しています)。

操作

 

  1. メインフィーチャーマップにフィーチャーレーンとフレームレーンを表示しておきます。
  2. フレームレーンのストップコドン不在領域(上図でオレンジ色の領域)の上でマウス右クリックします。
  3. デスクリプションウィンドウが表示されます。
  4. Apply]をクリックします。
  5. 選択した領域に対応するCDSが新規登録されます。
  6. フィーチャーレーンにCDSの表示が設定されていれば、以下のように表示されます。
  7.  
  8. 真核生物で、複数のエクソンからなるCDS候補を登録します。
  9. メインフィーチャーマップにフレームレーンを表示します。
  10. 第1エクソン候補から最終エクソンの1個前の領域まで順にクリックします。
  11. 最後のエクソン候補をマウス右クリックの前にクリックしてしまうと、選択から外れてしまいます。
  12. 最終エクソン候補の上で右クリックします。
  13. メニューが表示され、「Save as a (new) Feature」をクリックします。
  14. デスクリプションウィンドウが表示されます。
  15. Locationに指定した領域数のポジション情報が設定されています。
  16. 「Apply」をクリックします。
  17. フィーチャーレーン上にマルチエクソンCDSが表示されます。
  18. 各エクソンが所属するフレーム別に描画することも可能です。

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