メインフィーチャーマップあるいは、リニアゲノムマップに表示されているフィーチャーのQualifierの値を簡単にみる方法が2つあります。
Main およびReferenceディレクトリーツリーのとなりのタブメニューである「Info」をクリックして前面に表示します。
この状態で、メインフィーチャーマップあるいはレファレンスリニアマップ上のフィーチャーをクリックすると、そのQualifierの情報がInfoタブペインに表示されます。

表示するQualifierを選択することができます。
メニューからSettings --> Feature Setting を選び、Qualifier Orderタブをクリックします。
Qualifierタブペインが表示されます。
ここで設定できるのは以下の項目です。

フィーチャーのPosition
Qualifier Valueの表示順
ユーザが指定した順序
アルファベット順
ユーザが指定した順にするには、「User Specified Order」ラジオボタンをオンにします。
Order値のフィールドに入力できるようになります。ここで表示順を直接数字で変更入力します。
入力が終了したら、Applyをクリックします。結果は昇順に表示されます。
なるべく、表示するQualifierを少なくしてから変更する方が簡単です。
「Select All」ボタンと「Reverse Selected」使うと、少し楽に設定できます。

アルファベット順に表示するには、「Alphabetical Oder」ラジオボタンをオンにして、Applyをクリックします。

ロードされた元の配列ファイルに記述された順番にするには、「No Change」ラジオボタンをオンにし、Applyをクリックします。
No Changeに設定された状態で、非表示にしてから、再度表示すると再表示されたQualifierは最後に表示されます。
